张好古上书朝廷后，朝廷针对松江府的特殊情况，很快做了批示，军队可以扩，可是朝廷没有军费，需要松江府自己筹集，对于护国军的一应军官，除黄祥以外，具各升一级。
提级的军官，需松江府报上名额，等兵部批复。文官皆守原职。
另外朝廷还给出指示，希望松江府建城，以保护松江府，至于怎么建，望松江府报上计划。
对于松江府修建硬化路，朝廷批复可行。
对于兵备，金山卫，有张好古兼管。
最耐人寻味的是金山卫的兼管任命。这个扼守杭州湾的要塞历来由浙直总督直辖，如今竟划归张好古节制。表面看是朝廷对其信任有加，实则暗含以文制武的深意。当张好古接过鎏金虎符时，分明感受到同僚眼中闪过的忌惮——这道旨意，已悄然打破江南官场微妙的平衡。
五月，邸报，皮岛被清攻占。
六月有皮岛兵士乘船来投奔张好古，百来人分乘两船。先是去了登莱，打听到张好古在松江府任职，就又顺着岸线来了松江府。
他们带来了皮岛的战况。
清打败朝鲜后。
沈世魁一直以来都在积极地筹备战争。自从张好古留下了坚实的岸防之后，沈大人更是不遗余力地沿着海岸线修筑炮台和寨墙，同时收拢了大量的战船和火药炮子，为应对可能到来的战事做好了充分的准备。
当清军的前锋孔有德和耿仲明两部成功攻占了与皮岛隔海相望的铁山，并率先登上皮岛时，明军毫不畏惧，奋起反击。他们凭借着坚固的防御工事和英勇的战斗精神，一次次地击退了孔、耿两部的猛烈进攻。
然而，清军并没有轻易放弃。不久之后，清军的主帅贝子硕托亲自指挥清军对皮岛发动了更为猛烈的攻击。但尽管如此，皮岛的明军依然顽强抵抗，用火炮将清军的进攻一次次击退。
就这样，双方你来我往，僵持不下，这场激烈的战斗持续了整整一个月之久。面对如此顽强的明军，皇太极最终无奈地决定再次增派兵力。他派遣武英郡王阿济格率领一千名士兵和马福塔所部的水师前往皮岛增援，并命令阿济格取代贝子硕托，负责指挥攻岛的行动。
阿济格抵达前线后，迅速展开了部署。经过深思熟虑，他于四月五日在皮岛东北的郭山郡举行了一次重要的战前会议。在会议上，经过一番讨论，阿济格决定改变战术，放弃之前的强攻方式，而是采取兵分两路的策略。其中一路负责在正面进行佯攻，以吸引明军的注意力；另一路则挑选精锐部队，趁皮岛明军被佯攻吸引之际，偷渡到皮岛。
佯攻一路的军队阵容强大，其中包括了八旗骑兵、汉军（乌真超哈）、三顺王部（天佑兵、天助兵）以及朝鲜兵。这一路的进攻由兵部承政东尔格负责指挥，而汉军固山额真石廷柱和户部承政马福塔则在后方督战，以确保进攻的顺利进行。
而偷袭一路则完全由八旗步兵组成，他们是八旗军队中最为精锐的护军，被委以先锋的重任。这一路的指挥者是固山额真萨穆什喀，而固山额真阿山和叶臣则在后方督战，为先锋部队提供有力的支持。
这一路的攻击目标是皮岛西北面的山咀，这个位置对于整个战役的胜负至关重要。为了确保偷袭的成功，清军特意选择了傍晚时发动攻击。这个时间点既能利用夜幕的掩护，又能让明军在疲惫和松懈的状态下遭受突然袭击。
进攻之前，清军主帅阿济格写信招抚皮岛诸将。明朝援军沿海总兵陈洪范和东江副总兵白登庸等人闻听清军即将大举攻岛，纷纷选择离岛避战。而东江总兵沈世魁、莱州副总兵金日观、将领楚继功等人继续选择坚守。
四月八日，晨曦微露，清军如饿虎扑食般开始发动猛烈的攻势。首先，满洲骑兵、八旗汉军、三顺王所部以及朝鲜军队如汹涌的潮水一般，乘坐七十艘战船，风驰电掣般直驱身弥岛。他们擂鼓鸣金，声势浩大，仿佛要将整个岛屿都震碎。
与此同时，另一路清军也在夜幕的掩护下悄然行动。这支部队由八旗步兵和护军组成，他们在勇将准塔和鳌拜的率领下，如同鬼魅一般，从身弥岛北部绕道而行，直扑皮岛后方煮盐的河港。
就在这关键时刻，天空突然降下大雾，整个战场都被浓雾笼罩，一片迷蒙。黑暗中，清军如幽灵般迅速登陆，他们的行动神不知鬼不觉。明军完全没有料到清军会从这个方向袭来，顿时大惊失色。
然而，明军并没有被突如其来的攻击吓倒，他们迅速组织起防御，与清军展开了殊死搏斗。喊杀声、兵器撞击声响彻整个皮岛，双方都使出浑身解数，互不相让。
时间一点点过去，二更时分，固山额真萨穆什喀率领八旗精锐如旋风般冲入皮岛，他们如猛虎下山，直捣皮岛西北隅的江高湾。这突如其来的一击，让明军陷入了更加被动的局面。
而就在这个关键时刻，负责指挥佯攻的马福塔突然得到消息，得知偷袭的清军已经成功突破防线，突入了岛屿内部。这个消息对于马福塔来说，无疑是一个绝佳的机会。他毫不犹豫地立刻抓住这个时机，果断地指挥所部清军如饿狼扑食一般，顺势发动了猛烈的突击。
与此同时，那些协助清军作战的朝鲜炮手们也毫不示弱，他们充分发挥出了强大的火力优势，炮弹如雨点般落在明军阵地上，给明军造成了巨大的杀伤。
在清军的两路夹击之下，明军虽然拼死抵抗，但终究还是难以抵挡这如潮水般的攻势。双方激战了整整一昼夜，战场上杀声震天，血流成河。
经过长时间的激烈战斗，岛上的明军最终还是败下阵来，皮岛也随之落入了清军之手。在这场惨烈的战斗中，明军将士死伤惨重，人数多达上万人。副总兵金日观、楚继功等多位明军将领也都在战斗中相继战死，而总兵沈世魁则不幸被清军生擒。