回到联盟总部，守护者们立刻向高层汇报了此次事件的经过。联盟决定召集各路高手，组成特别行动队深入调查此事。林羽等人也加入其中。
他们沿着之前发现的线索追寻，来到了一个偏僻的星云之中。在这里，他们发现了一座隐藏在暗物质后的巨大基地。正当他们靠近时，却触发了基地的防御系统，无数小型飞行器如蜂群般涌出。
守护者们冷静应对，各施手段。艾丽召唤出元素精灵助阵，李浩利用科技装置制造干扰磁场。林羽则带领影风直捣黄龙，冲向基地内部。
在基地深处，他们终于发现了幕后黑手——一个妄图统治宇宙的疯狂科学家。他创造出那种危险的能量晶体，并改造机械战舰。就在双方对峙之时，科学家却露出得意笑容，原来他早已在联盟总部埋下炸弹。
林羽等人心中大惊，紧急联系总部疏散人员。而后他们合力对抗科学家，一番激斗之后，成功将其制服，解除了总部的危机，宇宙的和平暂时得以维护。虽暂时制服了科学家，但林羽知道隐患仍存。他在科学家的资料库中查找关于能量晶体和机械战舰的所有资料，准备彻底销毁。然而科学家冷笑一声：“你们以为这就完了？我的研究成果早已散布出去。”众人脸色一变。
这时，联盟传来消息，多个星球检测到异常能量波动，疑似新型能量晶体引发。林羽决定再次出发，其他守护者纷纷响应。他们兵分几路前往各个星球。
林羽到达一颗资源丰富但武力薄弱的星球，这里已被机械生物侵占。他施展高强武艺，配合当地反抗力量一路杀进核心区域。竟发现这里的主脑也是那位科学家的作品，它正吸收星球能源转化为新的危险晶体。林羽拼尽全力摧毁主脑后，告知当地居民防范措施。
其他守护者也陆续成功解决各自面临的危机。最后大家重新汇聚，商议建立更为严密的监控体系，防止类似事件重演，守护宇宙和平成为他们永恒的使命。尽管建立了监控体系，但平静并没有持续太久。一天，联盟的监控系统突然全面失灵。紧接着，各地传来警报声，无数黑洞凭空出现并释放出强大吸力。林羽意识到这必然又是那个科学家留下的后手。
众人迅速集结，通过特殊设备朝着黑洞源头进发。当接近后才发现，原来是那科学家早就研发出一种可以扭曲空间的装置，以此来制造黑洞发动攻击。而装置周围还有一层保护罩，普通攻击难以突破。
林羽思考片刻后，联合几位功力深厚的守护者，将自身内力汇聚成一股超强力量，其他人则以各种能力辅助。只见一道耀眼光芒闪过，保护罩被击破。林羽毫不犹豫冲进装置内部，以高超的武艺破坏关键节点。随着一阵剧烈爆炸，黑洞逐渐消失。
经此一役，联盟更加谨慎对待各类潜在威胁。林羽等人也时刻保持警惕，不断提升自己的实力，随时准备应对下一次未知的挑战，坚定地守护着宇宙和平。日子一天天过去，联盟看似恢复了平静。然而林羽却总是隐隐不安。这天，他独自外出历练，来到一颗神秘的古老星球。这里充满了奇异的能量波动。
林羽刚踏上这片土地，就感觉有股无形之力在窥视自己。他小心前行，发现一处隐秘的山谷中有座古老的神殿。进入神殿，墙壁上刻满了奇怪的符文。当他触碰其中一个符文时，一道光影浮现，竟是曾经那个疯狂科学家年轻时的模样。
原来这是科学家早年探索此地留下的影像记录。影像中的科学家提到一种远古的超级力量，如果融合这种力量，可以实现任何愿望。林羽意识到若此力量落入歹人之手，后果不堪设想。
此时，暗中觊觎这股力量的邪恶势力感应到林羽的到来，朝神殿赶来。林羽决定先下手为强，凭借自身高深的武学造诣解读符文奥秘。就在敌人赶到之时，他成功启动了神殿的封印之力，将超级力量永远封禁起来。敌人见状只能悻悻离去，林羽松了口气，再次踏上返程，继续守护宇宙和平之旅。林羽返回联盟不久，联盟收到来自遥远星系的求救信号。那里是一个高度文明的星球，却遭遇不明生物侵袭。这些生物形似巨兽，皮糙肉厚，常规武器难以伤其分毫。林羽主动请缨前去救援。
抵达该星球后，林羽发现这些巨兽并非毫无弱点。它们的眼睛是能量的聚集点，只要击中就能造成巨大伤害。于是，林羽运用轻功身法，穿梭于巨兽之间，寻找机会攻击其眼部。
然而，巨兽背后的操控者现身了，竟然是被打败的疯狂科学家的弟子。他改进了师父的技术，控制这些生物来报复联盟。林羽与他展开激战，对方依靠强大的生物技术增强自身实力。林羽则以内力护住全身，同时使出凌厉的拳法。
关键时刻，林羽领悟到一种新的武学境界，力量瞬间提升。他以一招制敌，击败了科学家的弟子。随后，他协助星球居民设置防护屏障，防止类似生物再次入侵。处理完一切后，林羽回归联盟，继续为守护宇宙和平而不懈努力。