582年五月，突厥大举南侵隋朝。沙钵略大可汗摄图，带领达头可汗玷厥和阿波可汗大逻便，率领四十万突厥兵士，兵分两路进攻隋朝。
大逻便带领十五万突厥兵士，直接南下攻向凉州。凉州总管独孤罗，吓得直接弃城逃跑，凉州城一下子就沦陷了。大逻便占领凉州后，派二万人留守。他带领十三万突厥兵士继续南下，在乐都城外十里的乙弗泊，与冯昱带领的一万隋兵遭遇。一万隋兵在突厥数万骑兵的冲击下，死伤殆尽，只有不足两千逃入了乐都城。冯昱大败后，龟缩在乐都城不敢出来再战。大逻便带领突厥兵士继续向东前进，在兰州城外二十里，与兰州总管叱列长叉遭遇。叱列长叉带领的三千临洮守兵对战数万突厥骑兵，死伤大半，沧皇逃回临洮，不敢出来再战。大逻便带领十二万突厥兵士继续向东前行，迅速包围占领兰州。
兰州城兵民顿时大乱，守城兵士投降，大逻便手下十二万突厥兵士冲入兰州城，到处抢掠，不管人畜，一概抢走，就如群狼过境。鸡鸣狗叫人喊马嘶，声声不绝。突厥兵士肆意对城中女子奸淫掳掠，女子纷纷上吊、撞墙、跳井，悲哭哀嚎之声震天。城中男子拿起菜刀，拿起锄头，拿起木棍，反抗突厥人对自家的抢掠。他们纷纷被突厥人砍翻在地，身首异处，血流成河。兰州城被抓的年轻女子，青壮男子，像牛羊一样被绑着手，驱赶前进，城中处处冤声动天。兰州城顿时变成了一幅地狱景象。
突厥兵士看着这幅景象，反而高兴坏了。他们一下子有粮食，有钱财，有牲口，有丝绸，有女人，有奴隶，来隋朝抢掠一趟真是大有收获。突厥人听着各种哭喊哀嚎之声，简直是人间极乐，这才是隋朝那些猪羊般低贱的人，见到他们应该发出的声音。看着隋朝人痛苦的哀嚎和惊恐无助的表情，他们如饮美酒般舒爽，这才是突厥勇士能得到的最高享受。
孙思邈躲入事先挖好的地窖中，他也不敢妄动，外面可是密密麻麻的突厥人。这个地窖空间足够大，里面还藏着各种物资。孙思邈在得到突厥即将进攻兰州的消息后，就悄悄的囤积物资，将身上的钱全花了出去。说来这还要感谢圣女，她带来了准确的消息。如今粮食和肉干，在地窖内都堆满了。地窖上面也堆满了各种成捆的药材，突厥兵士查过，以为是堆柴火的杂物间，并未细细翻找，让孙思邈成功的躲过了这一劫。
小叶带领的巫圣教手下，在突厥人占领凉州时，就经由巫圣教挖好的密秘地道，逃出了兰州城。圣女也早就离开了兰州城。
还有一些见势早，反应快的人也纷纷逃离了兰州城。而那些舍不得身家、舍不得官位、舍不得荣华、舍不得富贵的人，都没能逃出兰州城。
兰州城大小官员都主动投降了突厥，向突厥人卑躬屈膝，他们打开粮仓，开启府库，任由突厥人将兰州积累的财富，抢掠一空。最终他们还是成为了突厥人的阶下囚，被掳去了突厥。
突厥人在兰州整整抢掠了三天，将能抢走的东西全部带走。兰州城一下子变成了一座空城，突厥人这才满意的离开了，前往下一座城，继续抢掠。
孙思邈发现突厥人走远了，这才从地窖中钻了出来。他马上背上行医袋，他要用最快的速度，冲进每家每户，去抢救还活着的伤员。当他来到兰州城的大路上，看了一下东南西北，竟然连一个人影都没有，整座兰州城死气沉沉。
孙思邈看到的景象是无比惨烈的，根本不像他原先预想的那样有很多伤员。因为他看到的基本上都是无头的尸体，有的甚至被剁成肉泥。有的尸体衣服都被扒光了，女尸更加是惨不忍睹，基本上都被突厥人强暴了，有的更是灭绝人性的在下体塞了根木棍。孙思邈心想：“这就是战争吗？彼此都用最残暴的方式对待对方，没有一点人性，没有一点悲悯。”
孙思邈将那些上吊的女子取了下来，将那些跳井的女子捞了上来，将那些撞墙的女子身体摆正，全部一一给她们探脉摸气，只要还有一口气，他都会全力抢救。所到过的每家每户，亦仔细翻找，看有没有幸存者。
孙思邈三天三夜，不眠不休，跑遍了整个兰州城。最终抢救下来了四十八个孩子。整个兰州城近十万人口，仅仅剩下了四十八个人还活着，加上自己也不到五十个人。四十九个人，这就是这次兰州浩劫的幸存人数。他们有的是躲在地窖里，憋了几天；有的躲在茅草里，一动不动忍耐了几天；有的躲在火灶内，忍受着高温和烧伤；有的躲在水缸里，皮肤都被泡烂了；有的是上吊未吊死的，也只剩最后一口气了；有的是撞墙未撞死的，昏迷了几天；有的是跳井未淹死的，也在水里泡了几天。这些孩子之前不管是什么样的家世，现在都有一个统一的名字，叫做孤儿，他们小小年纪就失去了至亲之人。孙思邈决定将他们全部收养。
这四十八个孩子，有四十个是女孩，年龄在三岁到十三岁之间，若年龄再大一点，就算是死了，也会被突厥人奸污，然后砍掉脑袋，所以不可能幸运的活下来。八个男孩，年龄在三岁到八岁之间，八岁以上的男孩好动而且冲动，不会乖乖的藏好，所以也没有幸存下来的。
孙思邈刚抢救完所有孩子，就有人陆陆续续回到了兰州。有的是事先逃亡出去的，有的是死者的亲属，他们听闻兰州被突厥人抢掠了，所以赶过来看一看；有的是刚好离开兰州到外地办事的。
半个月后，突厥大军终于退回了草原，结束了这次规模浩大的抢掠战争。这时也有一些，此战中存活下来的伤兵残勇，来到了兰州。救援的军队和官员也赶来了兰州，他们开始给死者收尸掩埋，统计这次突厥人抢掠带来的损失，然后上报朝廷，等待朝廷下达新的指令。