为了进一步巩固西南数省“改土归流”的成果，鄂尔泰还进行了一系列的开发工作。
首先是处理善后。
“改土归流”之后，许多矛盾若处理不好，仍会激发。
云贵数省，地处边疆，各民族习俗差别极大，一下子改派满汉流官，难以适应这里的复杂局面，对土官打击面也太大。
鄂尔泰始终坚持设置的流官中，能用土官的仍然用之。
那些自动缴印，主动要求改流的，鄂尔泰奏保举他们任守备、千总、把总等流官，并让其世袭不替。
表现突出的，还上奏褒奖。
对那些不习惯做流官，态度又好的土司，则奏请发给国库银两，为之安排善后生活，拨给田产，建造房屋，彻底消除他们的反抗情绪。
对那些罪大恶极、血债累累的土司，改流过程中又一直抵抗或反对者，则严厉打击，从重治罪。
如平日罪行昭着、民愤极大的云南镇沅土知府刀瀚、贵州康佐长官司长薛世乾，改流后便把他们处死或终身监禁，当地居民无不称快。
对流官的派遣，鄂尔泰上奏必须派去有能力、肯吃苦、清正廉明者。
他认真挑选州县长官，派去的第一批流官都很称职，对安定改流地区起到了积极作用。
鄂尔泰为让改流地区人民休养生息，一律实行地丁钱粮制度；困难多、收成少的地方，减轻、减免赋税或给予救济，使这些地区尽快地恢复生产。
鄂尔泰在改流地区还重新调配了土地，并实行鼓励垦荒政策。
土司霸占的农民土地，按土地清单让原主认领；荒芜无主的土地，招农民耕种；未开垦的土地，号召农民开垦，官府发给农具、种子、对新垦的土地，水田6年后征税，旱地10年后起科。
鄂尔泰还号召官员、富户捐助困难土着居民，他本人带头捐银3000两、买牛100头、盖房600间，让十分困难的土着居民安居乐业。
同时，鄂尔泰在改流区大力兴修水利，仅云南昭通就兴修水利10项，可以灌溉土地两万多亩。
云南全省改流后兴修水利工程70多项。
为保护这些水利工程，鄂尔泰还奏设水利专官，专管这些水利项目，从而保证了水利事业的长久发展。
改流区的交通开发也是一项突出的事业。
鄂尔泰修浚了1200里的清江，300余里的都江，使之浚后“邮递往返”，有“水道康庄”之美称。
他还修筑了上起土黄，下至广西百色全长700余里的河道，使“两粤、楚湘为之沟通”。
鄂尔泰把内地的耕种、纺织、冶铁、烧窑、采矿等生产技术，命人在改流地区传播，使这些刀耕火种的穷山僻谷得到开发。
改流前少数民族没有读书的机会，更无权参加科举。
改流后，鄂尔泰普遍开设学堂，设教官，让儿童免费入学。
云南一省就开设义学463所，贵州开设义学24所。