地下二层：科研核心区（以下涉及的实验室后面都会详细介绍）
金属冶炼实验室：（前文已经提过，不做复述）
武器机械研究室：运用了三维建模与打印一体化设备，可快速将设计好的武器模型打印成实物进行测试。这里还设有微观粒子武器试验平台，通过对微观粒子的加速、聚焦和控制，研究新型能量武器的原理和应用。同时，拥有智能武器控制系统研发平台，利用人工智能和神经网络技术，开发具有自主目标识别、追踪和攻击能力的武器系统。
生物药物实验室：具备基因编辑和合成生物学平台，可对生物基因进行精确编辑和合成新的生物分子。实验室配备了生物反应器，能在微观层面模拟生物体内的环境，大规模生产特定的药物蛋白和抗体。此外，还有细胞治疗研发中心，专注于开发基于细胞疗法的新型药物，用于治疗辐射损伤、基因疾病等灾变后常见的病症。
生物基因研究室：拥有第三代基因测序仪，能够快速准确地解读生物基因序列，其速度比传统测序技术快数百倍。实验室还设有基因编辑技术研发平台，利用cRISpR - cas系统等先进的基因编辑工具，研究基因的功能和调控机制，探索修复受损基因和增强生物适应性的方法，为培育抗灾变生物和治疗基因相关疾病提供理论和技术支持。
能源研究实验室：配备了可控核聚变实验装置，通过模拟太阳内部的核聚变反应，尝试实现清洁、高效的能源生产。实验室还有量子能源转换研究平台，探索量子态下的能量转换机制，如量子纠缠能源传输和量子点能量收集技术，致力于开发新型的能源转换和存储方法，为庇护所提供更稳定、可持续的能源供应。
植物基因工程实验室：拥有植物基因编辑系统，可精确修改植物的基因，赋予植物新的特性，如抗辐射、耐旱、耐寒等。实验室设有植物基因表达调控平台，通过调控植物基因的表达水平，研究植物生长发育和抗逆性的分子机制，培育出适应灾变后恶劣环境的新型植物品种。
植物生理生态实验室：具备先进的植物生长模拟舱，可精确控制温度、湿度、光照、二氧化碳浓度等环境因素，模拟不同的生态环境，研究植物在这些环境下的生理生态响应，包括光合作用、呼吸作用、水分代谢等过程的变化规律，为植物种植和生态修复提供科学依据。
植物分类与进化实验室：拥有基因条形码识别系统，通过对植物基因片段的分析，快速准确地识别植物种类，构建植物分类数据库。实验室还设有进化生物学研究平台，利用古植物化石样本和现代植物基因数据，追溯植物在灾变影响下的演化路径，研究植物的适应性进化机制，为植物资源的保护和利用提供理论支持。
植物资源利用实验室：配备了植物成分提取和分析系统，能够从植物中提取各种有价值的成分，如药用成分、食用营养成分、工业原料等。实验室设有植物资源综合评价平台，通过对植物资源的产量、质量、提取难度等因素的综合评估，开发植物资源的高效利用方法，实现植物资源的最大化利用。
植物细胞生物学实验室：拥有高分辨率的电子显微镜和激光共聚焦显微镜，可在纳米级别观察植物细胞的结构和动态变化，包括细胞器的功能、细胞膜的运输机制、细胞骨架的动态组装等。实验室还设有植物细胞工程研究平台，通过细胞培养、原生质体融合等技术，培育出具有优良性状的植物细胞系，为植物基因工程和繁殖提供材料。
农业与食物资源实验室：运用了垂直农业系统，通过多层种植架和智能光照、灌溉系统，在有限的空间内实现高效的农业生产。实验室还设有食物资源开发平台，利用植物蛋白、微生物等资源，开发新型的食物产品，如人造肉、营养补充剂等，保障庇护所的食物供应。
基因改良作物实验室：拥有基因驱动技术平台，通过改变特定基因在种群中的遗传频率，快速培育出具有高产量、高营养价值、抗病虫害等优良性状的作物品种。实验室还设有作物田间模拟试验场，在可控的环境下对改良作物进行种植试验，评估其在实际生产中的表现和适应性。
生态环境监测实验室：配备了卫星遥感数据接收系统，可实时获取庇护所周边及全球范围内的生态环境数据，包括植被覆盖、土壤质量、大气成分等。实验室还有原位监测网络，通过在庇护所内外设置大量的传感器，实时监测环境参数的变化，如温度、湿度、辐射强度、污染物浓度等，为生态环境的评估和预警提供数据支持。
污染治理与生态修复实验室：拥有微生物修复技术平台，利用基因工程改造的微生物，分解和转化环境中的污染物，如重金属、有机污染物等。实验室还设有生态修复工程模拟系统，通过构建小型的生态系统模型，研究植被恢复、土壤改良、水体净化等生态修复措施的效果和机制，为庇护所周边环境的修复提供技术方案。
辐射医学实验室：配备了辐射剂量模拟系统，可精确模拟不同强度和类型的辐射环境，研究辐射对人体组织和细胞的损伤机制。实验室还有辐射治疗研发中心，利用基因治疗、细胞修复等技术，开发针对辐射病的新型治疗方法，同时研发辐射防护药物和装备，保护庇护所居民免受辐射危害。
新能源开发实验室：拥有反物质研究装置，探索反物质与正物质湮灭产生能量的原理和应用，这是一种理论上能量效率极高的能源来源。实验室还设有暗物质能源探索平台，虽然暗物质的性质尚未完全明确，但研究人员在这里尝试挖掘其潜在的能源价值，为未来能源的突破寻找新方向。
资源回收与再利用实验室：配备了原子级别的材料拆解和重组设备，能够将废弃的电子设备、金属制品等分解成原子或分子级别，然后重新合成新的材料。实验室还设有废物资源化评价平台，通过对废物的成分分析和价值评估，制定最佳的资源回收方案，实现废物的高效再利用。
无土栽培区域：采用了智能营养液循环系统，通过传感器实时监测营养液的成分和浓度，自动补充和调整营养液的配比，确保植物生长所需的营养元素充足。同时，照明系统模拟太阳光谱，为植物提供最适宜的光照条件。这里种植着各种蔬菜、水果和粮食作物，为庇护所提供新鲜的食物。
物资储存区域则存放着大量的科研耗材、备用设备、化学试剂等物资，通过智能库存管理系统进行精确管理，确保物资的安全存放和及时供应。