在现代农业领域，转基因大豆与非转基因大豆常成为大众讨论的焦点，两者之间的区别备受关注。
从基因层面来看，转基因大豆是运用基因工程技术，将外源基因导入到黄豆基因组中，赋予其特定的性状，比如抗虫性和抗除草剂特性。其中，抗虫转基因大豆转入的苏云金芽孢杆菌的bt基因，能编码产生让害虫肠道穿孔的毒蛋白，杀虫效果比传统打农药的方式更为出色 ，并且这种bt蛋白也是国家标准有机作物生产允许使用的杀虫剂，其安全性已经得到非转基因使用70多年的证实；抗除草剂转基因大豆则转入抗草甘膦基因，同时增加了植物体内本来就含有的EpSpS生物酶的表达含量，使其能够抵抗除草剂。相比之下，非转基因大豆无论是自然进化产生还是通过人工选择培育而来，整个过程都没有经过人工对基因的直接干预，保留着自然的基因序列 。
外观形态上，两者也存在一些细微的差异。
转基因大豆的外观形状通常较为规则，多为正圆形，由于成熟较快，颜色较为均匀，大多呈淡黄色，个头普遍更大一些，豆脐部位不太明显，外观较为整洁，很少出现虫蛀现象；非转基因大豆形状多为椭圆形，颜色相对更深且不均匀，豆脐部位明显。
不过需要注意的是，虽然从外观形态上可以对转基因大豆和非转基因大豆进行一些简单的区分，但是仅通过外观来区别转基因大豆和非转基因大豆并不是完全准确的方法。最准确的方式还是依赖专业的检测手段。目前常用的检测技术有基于外源蛋白质的检测方法，如酶联免疫吸附法、免疫侧向流动试纸条，通过抗原、抗体的免疫学反应，检测外源基因表达的蛋白来定性、定量检测转基因产品；还有以外源插入dNA分子为基础的检测方法，像pcR检测技术和基因芯片技术等，其中pcR方法是实验室普遍采用的，从种子到不同程度的加工产品都适用，具有特异性和灵敏度高的优点。
从种植过程来看，非转基因大豆采用传统种植方法，农民依照农时精耕细作，播种前翻地松土并施入农家肥，生长期间需要人工除草、间苗，还得根据天气情况进行灌溉，整个过程人力物力投入大，并且产量受气候、病虫害等自然因素的影响波动较大；转基因大豆种植则依赖现代科技，播种前种子经过特殊处理，生长期间可大面积使用专用除草剂，凭借抗虫基因减少施药次数，在精准农业技术的辅助下，产量相对稳定，更适合规模化生产。
在营养成分方面，虽然转基因大豆和非转基因大豆都富含蛋白质、膳食纤维、维生素和矿物质等营养成分，但一些研究表明，二者在营养物质含量上存在细微差异。比如，转基因大豆的蛋白质、脂肪、碳水化合物比例可能会因外源基因的插入而发生微调 ，某些维生素、矿物质的吸收利用率或许也会受到影响，总体上营养价值略高于传统大豆。
不过，不同品种的非转基因大豆之间本身营养成分就有差异，转基因大豆转入基因以后的成分含量差异，并不一定大于不同品种非转基因大豆之间的差异，所以从生物学意义上来说，这种差异并不显着。
关于安全性，这是大众最为关心的问题。科学界几十年来的主流观点认为，经过严格安全评估和审批程序上市的转基因大豆是安全的。世界卫生组织（who）、联合国粮农组织（FAo）、美国食品药品监督管理局（FdA）等国际权威机构通过长期、大量的实验数据表明，转基因大豆在上市前经过了从基因插入稳定性、新蛋白致敏性到环境生态影响等多维度的评估，食用安全性等同或者高于传统大豆。抗虫基因产物在加热后会变性失活，也未发现跨物种基因转移至人体并造成危害的案例。
然而，一部分玄学爱好者仍然心存疑虑，一方面对“基因改造违背自然”存在本能抵触，担心长期食用会改变人体自身基因；另一方面，一些关于动物食用转基因饲料出现异常的报道，尽管全部已被辟谣多年，但仍让谣言继续泛滥。
在全球粮食安全的大背景下，国家发展转基因农业和推进生物育种产业化是符合14亿人整体利益的正确决策。转基因大豆具有增产降本的优势，能够有效缓解粮食供应压力，其安全性和健康性也有科学依据作为支撑，是保障我国粮食安全的必要措施。我们应该以科学的态度，看待转基因大豆与非转基因大豆的区别，基于理性和事实做出选择。
（写于2025年。）