马爌听了皇帝的解释后，当场表态支持。他现在虽然贵为一镇总兵，实际上直接控制的兵马也就三四千而已！新军一个师长指挥的兵马就有一万多，哪才是真正当将军的感觉。以少换多，这买卖肯定划算。
“黄总兵！咱们说说你的任职安排，朕准备以恢复五军都督府职权为依托，重建中枢军令部门，对整个中枢的军机事宜进行全盘改制。此事得有重将坐镇，顾此朕准备任你为五军都督府中军都督。改制完成后大明所有战兵的指挥权尽数集中在中军都督府。其它四军都督府、分管大军的后勤、兵械、参赞、监察事务，兵部则负责钱粮预算、征兵、边防规划建设等不涉及直接战事的军务。这事完了还要详议，现在你主要做的是先交出勇卫营的兵权，然后在京主持京营、新军、及其它在北直隶军队的整体改制事务。”
“陛下、臣尊令！”
“虎山你能顾全大局，朕心甚慰！此次关宁军反叛虽说是坏事，但朕亦认为是好事。让朕下定了决心，对大明所有的兵马军队进行全盘的改制。朕设想的改制完成后，大明所有兵马将直属于中枢朝廷，兵马将大致上分为两个体系，一个是以新军为蓝本直属于朕和五军都督府掌管的战兵体系，另外一个是中枢和省、府共同掌管的保境安民旅体系，详情容后再议！今日朕留三位将军，主要是先通口气，免得生出不必要的误会。”
与秦良玉、黄得功、马爌三人谈过话后，朱由检轻松了不少。于公于私这三人是必须要争取的旧军将领，朱由检的真实想法是黄得功以后就是大明军队的常务副总司令、秦良玉是京城卫戍司令、马爌则是在新军中任主战师长或军长，如此一来未来改制完成的大明军队，从上到下都有旧军的将官存在，并不是将旧军全给撇干净。
刘元斌带人准备了三天时间后，便率领大军出发，启动山海关夺关之战。他和赶到京师的新军这段时间累的不轻。在宣化、固关一线连打了两场大战，现在又要赶到山海关去作战，也就是新军比较听话，不然还真不能这么用。
关宁军逃到了宁远、山海关一线，不管是短期还是长期计划，都不能容忍他们一直待在那地方。尤其是山海关，绝不容许被关宁军掌控。
朱由检对这次讨逆作战的计划是先占了山海关，要是各方面情况容许，则一鼓作气将关宁军彻底变为历史。要是情况不容许，也得占了山海关再说。
严格意义上来说、山海关一直不是关宁军掌控的，在吴三桂入关叛乱之前，山海关总兵是高第，也不知道这人现在在干嘛！高第是秦军体系出来的，与关宁军是两张皮。从这个布置情况来看，之前的朱由检就对关宁军有防备之心。
本来想大小相制，让秦军和关宁军相互制衡，结果是这两股势力都靠不住。万幸下手早了一点，将唐通、马科、白广恩他们给提前换了，不然这次很可能会出更大的事。如今还真解释不清楚是改制了这三部兵马，才刺激着姜襄和吴三桂当了叛徒，还是他们肯定会成为叛徒，只不过因为这三人的下场而提前爆发了。
由于这场突变，京城的整个行政运转体系瘫痪了好几天。直到刘元斌他们开拔，朱由检才有闲心召开一次大朝会，与在京的官员们见见面，看看这场大变局，最终的影响如何。
“陛下、京城各衙门口的官员，有一部分从了贼，今日大朝议来的官员有些不齐！”行完朝礼后，周延儒赶忙将人员不齐的现状向皇帝通报。
“不齐就不齐吧！完了内阁和吏部议一下、将缺员增补上就是，如果缺员严重，可以从监理司衙门和海关署向朝中补一些官员进来。”
“陛下、此事我们下去详议。”
“好、现在是说说目前的大局势，根据最新的军情，闯贼已经退到了太原休整，新军在宣化等地发起的两次战役共击毙和俘虏闯贼九万余人，骡马五万匹左右，其它缴获也还可以。总体来说，闯军是伤了根本，短时间内无力再行入京。在古北口一线阻击建虏的曹若海也传来了最新军情，虏兵入关被阻，现下已有退兵之意。东线这边刘元斌正在全力往山海关推进，若是顺利拿下关城，则最近这段时间的京师危情算是彻底度过了。”朱由检将最新的情况大体向朝臣们解说了一下，由于消息是从多个渠道过来了的，即使是内阁也并不完全掌握，不总体通报一下大臣们未必了解全局。
等大家消化了一下消息后，朱由检继续开口说道：“朕接着说未来一个月内、朝中诸臣要做的事，一是务必要让朝政运行完全恢复正常、二是派要员巡视北直隶各府县、全力安抚此次兵灾造成的不利影响，特别是对京师东部的府县要多加关注，要将关宁军这帮祸害造成的影响降到最低。三是京营各卫要进行改制，涉及的兵政、民务非常复杂，朝臣们要全力协作，为今后大明所有卫所的改制打一个好样板。四是这次俘虏的闯贼有近十万，这些人的如何安置同样是个问题，咱们得议出一个妥善方略。”
俘虏的闯军数量近十万，目前由于缴获的粮食还可以，他们还有的吃！可他们不能一直待在宣化一线，得尽快拿出一个安置办法。按照惯常的处置手段来说，就是给他们找块地，让俘虏们去种地继续当农民。北直隶这边、眼下找出安置十万百姓的土地，应该并不困难。清军数次入关抢走了不少百姓，纷乱的局势让不少良田成了荒地，挤一挤安置个十来万人并不难。
不过朱由检不准备这么来，从了贼的百姓就不再算百姓了，或短或长的流寇生活，给他们造成的影响会让他们再难就地成为农民。要对他们进行一定的改造方能转变他们的生活习性，不然就和以前一样，降而复判判！