小羽也没有让骑拉帝纳继续飞行，而是在原地等待超梦。超梦气愤地赶上来后，立刻对小羽质问，为什么就这样走了，是不是看不起它？
然而小羽心里并没有丝毫的慌张，耐心地和超梦解释起来。正因为知道超梦有一颗傲娇的心，所以小羽才对超梦冒险一试欲擒故纵之计，想不到效果这么明显。看着超梦依然对自己百分之百的失去戒心，相信自己后，小羽告诉了超梦自己的梦想。听了小羽的梦想后，超梦的心里仿佛豁然开朗起来，它终于知道自己的目标以及活着的意义了，于是请求小羽带自己一起一同站在这世界之巅。小羽拿出大师球将超梦收服后，让骑拉帝纳全力飞行回基地。
然而，小羽并不知道，昨晚“红日”基地被一股神秘的势力偷袭。那个夜晚的海风带着一丝寒意，但基地里的研究学者们都在忙着手中的实验，为宝可梦变强而不断地在努力着。突然，一道道黄色的激光束从天空射向基地，瞬间打破了夜晚的宁静。受到攻击的基地瞬间便响起了警报声，同时打开了基地的防护罩，那蓝色的防护罩将整个基地笼罩了起来。听到警报声后，岛上的众人立刻起床进入了战备状态。
十分钟后，岛上的防御设施瞬间进入警戒状态。细心的阿渡发现天空中密密麻麻的大概有一两百只宝可梦，它们的眼睛都是红色，表情狰狞，周身散发着暴戾的强大气息，让人不敢靠近。而在阿渡身边的科拿发现不光是空中，连海洋里也布满了大概两三百只宝可梦，甚至更多。随着岛上的人逐渐进入战斗位置，他们发现那些宝可梦不光数量在增加，气息也在缓慢的增强。阿渡、科拿等人表情开始凝重了起来，他们明白今晚有一场恶战。
阿渡和其他人纷纷释放出自己的宝可梦，准备为“红日”而战，小羽的宝可梦也从森林中现身。由于小羽运用超能力将超梦送回了基地，大木博士拿着这个大师球，走出了研究基地，还有小茂陪伴着他，其他人被留在房间里。当大木博士走到阿渡身边时，他放出了大师球里的宝可梦，超梦被释放出来。当众人看到超梦时，他们都惊呆了，因为没有人知道这是什么宝可梦，只有小智似乎认出了超梦。
在旅途中的小羽也察觉到了一丝不对劲，于是他决定放出闪电鸟来替换骑拉帝纳。将骑拉帝纳收好后，他命令闪电鸟全速向基地进发，因为他预感到有不好的事情将要发生。
在“红日”基地周围的宝可梦在逼近到防护罩一定位置后便停了下来，然后开始向防护罩发起猛烈的攻击。瞬间，强烈的攻击令防护罩的能量急剧下降。尽管超梦制造的幻境让他们短暂地产生了困惑，但阿渡和大木博士等人很快便压制了心中的疑惑，开始全力应对当前的困境。
超梦一开始对突然出现的陌生环境有些抗拒，但感觉到周围的人对自己并无恶意，只是充满好奇，他便逐渐安心下来。然而，在人群中，超梦发现了小智。这时，超梦明白小羽和小智是一伙的，但这个发现并未给现在的超梦带来其他情绪。
正当大家各怀心事之际，防护罩终于在重压之下破裂。周围的宝可梦开始疯狂地朝基地发起进攻。虽然众人不明所以，到底是哪一方势力对他们发动攻击，但现在已无暇顾及。他们开始指挥宝可梦对侵略者发起反击，小羽的宝可梦在防护罩破裂的瞬间便冲了出去，超梦也在情绪的感染下冲了出去，因为它知道这里是它的主人小羽的地盘，作为他的宝可梦，它怎么可以袖手旁观。
然而，普通和精英资质的宝可梦根本不是这些红眼宝可梦的对手，刚一接触便被压制住了。只有道馆资质的宝可梦勉强能够应对，只有天王和冠军级的宝可梦才能挡住这些入侵的宝可梦前进的步伐，更别提还有超梦这只神级宝可梦，对于那些宝可梦来说简直是毁灭性的打击。
这战况相当的激烈，阿渡见普通和精英级的简直就是送人头，白白送死，于是立刻下令让他们的训练家将他们收起来去疗伤，可是还是晚了许多，依然有许多的宝可梦永远的在倒下了，这让他们的训练家无比的伤心、羞愧以及愤怒，可是这些都无济于事，只好抱着宝可梦的尸体撤退了。大木博士看见了这情况内心里的某个情绪被点燃了，急忙指挥快龙快速攻击了起来。就在基地防守开始退缩的时候，太一四兄弟和丹帝带人支援了过来，暂时缓解了压力。
就在双方看似旗鼓相当的时候，雅典娜发现这些宝可梦身上都挂着一个精灵球。一旦这些宝可梦损失过半，它们就会立刻被放出来，甚至包括已经死去的宝可梦身上的精灵球。这让原本已经坚持了很久的“红日”基地众人更加疲惫，连续的战斗让他们的体力逐渐耗尽。就在大家都感到绝望的时候，小羽终于赶到了，他将手中的宝可梦也全部放了出来。
当这些宝可梦出现后，它们和此时闪电鸟的心情一样极度愤怒。它们无法想象自己生活的地方竟然被敌人摧残得破败不堪，特别是高傲的骑拉帝纳，它感觉自己身为传说中的宝可梦的尊严受到了极大的侮辱。
于是不等小羽下令，骑拉帝纳便率先发起了攻击。其他四只宝可梦也不甘落后，纷纷加入了战斗。闪电鸟周身被黄色的电火花包围，从身上向地面上敌军宝可梦放出了强力的电光；风速狗则是用上了闪焰冲锋，被火焰覆盖全身的它如同坦克一般让敌人损失惨重；而洛奇亚则是用龙之俯冲去冲击敌人的阵地；水君则是用极光束将之一个个冻住然后将之消灭。