这个世界中生活地生存着一种名为“宝可梦”的神奇生物，人们和宝可梦一起玩耍耍，互相帮助，并且成为了好朋友。有时人们和宝可梦一起战斗。但是人们对宝可梦并没有很了解，事实上，宝可梦身上还有很多很多秘密。为了揭开这个秘密有很多人倾注了无数的心血去研究它们。有无数人心怀理想踏上了只属于自己的旅程……
一个一身红色t裇衫，穿着黑色短裤、绿色鞋子，戴一顶蓬松白色帽子，一双眸子如同蓝宝石一般清澈的少年置身于一处奇怪的空间内。他的名字叫做佑树，这奇怪的景象他已在梦中遇见过无数次，起初是惊愕与恐惧，但现在他对这梦已经习以为常不再有多余的情感了。
他的面前是三只从未见过的宝可梦：一只全身几近全白双足站立，背后有小翅膀双肩有类似粉色宝石形似霸王龙的宝可梦；一只全身青蓝胸口有一块大蓝宝石，身上还有金属质感的尖刺，四足着地的宝可梦。
而正面向他的是一只全身雪白，从脖子延伸到腹部为灰色条纹形似羊驼的宝可梦，这只宝可梦的身上还有着一着金色类似圣印的东西。
这只宝可梦开口说道：“吾乃创世之主阿尔宙斯，总有一天……吾等将会在一个混沌的空间节与混乱的时间点相遇，一切都预示着万物的灭亡……光辉大神与焚天灭世的炽光终将燃尽一切并夺走万物之光……宝可梦末日倒计时……
“能阻止一切的人只有你了，佑树……一切的劫与难终将考验你的选择！给你点儿提示吧：吾分散的十七块力量碎片当你集齐之时便是我们再会之日！尽管是吾等的神话也无法轻易打倒未来终将爆诞的光辉大神！现在，吾等将赐予你终焉的记忆，以此为代价，将连接一切开端的过去、现在、未来彻底推翻！”
“在一切还没太晚之前改变宝可梦世界的未来吧！”
话音未落情景变化，金发美女与紫发少年、金发少年与红发少年的宝可梦对战出现。自称希罗娜的金发美女说道：“佑树，快继续前进吧！这里由我们支撑！”
与之对战自称真嗣的紫发少年道：“喟！和我战斗时你还有闲心东张西望吗？”
希罗娜的眼中划过一丝落寞道：“命运吗……真嗣，真没想到会以这样形式重见……”
真嗣不屑一顾地哼道：“哼！我只是认为他们的计划可以让我变得更强而已！只要能变得更强他们要做什么我都无所谓！”
希罗娜的眼神变得认真，她吼道：“真嗣！在你和小智决战那么多年，本来以为你的心境已经有所改变了！”
真嗣却道：“哼！我是在与你对战又不是开茶会！叙旧到此为止！否则就像那个叫艾岚的一样，说了一堆大道理最后因大意而被我击败！”
金发少年自称青绿，他则是对佑树说道：“佑树，希罗娜大姐说得对！你快点继续前进吧！”
青绿将目光投回战斗中轻笑道：“不巧，我这里也有一些孽缘要处理……你说是吧，阿银！呵呵！”
被他叫做阿银的红发少年眉关紧锁微抿薄唇一副十分为难的模样，他开口说道：“青绿前辈……我做为火箭队守首领之子，坂木是我父亲，我必须帮助他！这次……这次我绝对……我不想再错过他了！我发誓！”
青绿无奈道：“是是是，我们明白了！我深刻的清楚了你的想法和意志了！那么你是否能将你的想法和意志实践在和我的对战中呢？”
“如果你输了就和我回去与琴音、阿金、克里斯还有空木博士他们道歉！”
听到青绿的话阿银一阵无语，佑树无法出声，无法行动，这都是记忆，阿尔宙斯让他看到的未来的记忆！他的身体向前四张熟悉的面孔：两个熟悉的面孔，丰缘的两位联盟冠军大吾和米可立、火岩队头目赤焰松、水舰队头目水梧桐！
赤焰松冷笑道：“太迟了！佑树，你虽然多次挫败我们的记划但这一次不会了！另一时空的我们更加心狠手辣！终结之地就快实现了！”
大吾笑道：“呵呵，他扔下你去祭坛了！就算你们有异兽气场与奈克洛兹玛加成，我们也不会失败的！我们可是由各地冠军组成的究极联盟！”
水梧桐则是纠结道：“虽然我想过改过自新，但是掌握了盖欧卡的力量梦想成真就在眼前，所以我加入了彩虹火箭队！”
米可立道：“不管那个，佑树，你快前进吧！献上最后的圆舞曲，结束他们的野心！”
随后佑树来到了一处山顶，这里下着大雨，四处都在进行宝可梦对战！一个自称阿金的少年一脸沮丧，他输给了彩虹火箭队，他们将希望赌在了佑树身上！佑树上前，无数传说中的宝可梦飞入云中，那些操控者都是各地区恶名远扬的罪犯！他们先是嘲讽再是恐惧，至于他们说了什么佑树根本没有听清！
睡眼惺忪的佑树在卡车副驾驶上醒来，一旁的妈妈见状笑道：“醒了？好宝贝打起精神来，我们到了哦！丰缘地区的未白镇！”
下了车，妈妈笑道：“这里的房子看上去虽有些老旧，但是很温馨，搬家公司的宝可梦正在搬运最后的一些行李！记得上楼把你房间里的新钟调好哦……”
佑树迷迷糊糊的上了楼，调好钟。但他还在想刚才的梦，这一次的梦最长、最完整，但为什么最后没了声音？那真的会发生吗？他不知道，他坐在房间的床上一直在思考这个问题，直到妈妈在楼下喊他，他才拿上桌上的背包。他已经到了外出旅行的年纪，这一次来丰缘就是为了旅行！
妈妈见他下楼并兴奋的喊道：“佑树快来！看，橙华道馆，你爸爸也在电视上！”
佑树兴奋地跑过来，但电视节目已经结束了，妈妈失落道：“结束了啊……真可惜……”
随即她精神起来道：“对了，你爸爸有个朋友也在镇上，他叫小田卷，是研究宝可梦的博士，就住在旁边，我要再收拾一下房屋，你先去拜访一下他们吧！”
至此，佑树开始了自己做为究极训练师的生涯开始了，他的身上又会有怎样的故事让我们拭目以待……