替补席上，英格兰国脚菲尔琼斯替补待命。2009年9月，菲尔琼斯和布莱克本签下了第一份职业合同。他身穿28号球衣。2009年9月22日，17岁7个月零1天的菲尔·琼斯在联赛杯对阵诺丁汉森林的比赛中迎来了职业生涯首秀，帮助布莱克本1-0战胜对手。
2010年5月4日，18岁的菲尔琼斯和布莱克本签下新的合同，合约长达5年，到2015年夏天。2010-11赛季，菲尔·琼斯成为布莱克本的绝对主力，他参加了前18轮联赛。不过在赛季中期，由于伤病，他缺席了接近4个月的比赛。在赛季最后四轮，复出的菲尔琼斯发挥极为出色。
他帮助布莱克本取得了4轮不败的成绩，包括1-1战平曼联，并击败了博尔顿和狼队，这样的结果让布莱克本保级成功。曼联在1-1战平布莱克本后夺得了联赛冠军，时任曼联主教练弗格森对布莱克本的中后卫菲尔琼斯留下了深刻的印象。
2011年夏天，曼联、利物浦和阿森纳等豪门都希望引进菲尔·琼斯，并送上了报价。最终，菲尔琼斯拒绝了利物浦和阿森纳，选择了曼联。2011年6月，菲尔琼斯正式加盟曼联，转会费达到1700万英镑，双方签约5年。加盟曼联的第一个赛季，菲尔琼斯在各项赛事出场42次，打进2球助攻4次
2012-13赛季，菲尔琼斯开始遭遇伤病困扰，他因为背伤和膝盖伤势缺席了联赛开局阶段的比赛，直到第14轮才完成赛季首秀。之后，菲尔琼斯又遭遇了脚踝伤。这个赛季，菲尔琼斯在联赛中只出场17次，贡献2个助攻。虽然出场不多，但跟随曼联获得了联赛冠军。
2013-14赛季，菲尔琼斯在各项赛事出场39次，贡献3球2助攻。
2014-15赛季，菲尔琼斯先后遭遇了腘绳肌拉伤、筋骨受伤和脚踝受伤等多处伤势，这也导致他在联赛中只出场22次，这是菲尔琼斯跌落的开始。2015-16赛季，菲尔·琼斯仍然没有摆脱伤病的困扰，他先后遭遇了静脉阻塞、脚踝扭伤、脚踝拉伤等各种伤病，在联赛中只出场10次。
不过，2015年6月30日，曼联宣布与菲尔·琼斯完成续约，新合约到2019年6月。
2016-17赛季，伤病继续成为菲尔琼斯的噩梦，他先后遭遇了膝盖伤和脚趾伤，在英超联赛只出场18次。在联赛杯上，菲尔琼斯出场3次，全部首发打满90分钟，帮助曼联进入决赛。对阵南安普顿的决赛，菲尔琼斯没有进入比赛名单，曼联3-2战胜对手夺冠。在欧联杯上，菲尔琼斯出场过3次，他跟随曼联打进了决赛。决赛对阵阿贾克斯，菲尔·琼斯坐在替补席没有出场，曼联2-0战胜阿贾克斯夺冠。
2017-18赛季，菲尔琼斯有个不错的开头，他在英超前11轮都有出场，且多次打满全场。但从第12轮开始，菲尔琼斯因为腘绳肌缺席了几场比赛。伤愈复出打了10场联赛后，菲尔琼斯的腘绳肌再次受伤。这个赛季，菲尔·琼斯在英超出场了23次。2018-19赛季，菲尔琼斯依旧因为伤势打打停停，在各项赛事出场24次，有过1次助攻。
2019-20赛季，菲尔琼斯因为伤病等原因在英超联赛只出场2次，各项赛事只出场8次。
更遗憾的是，菲尔琼斯陷入了更加严重，恢复时间更长的伤病中。2020年夏天，菲尔琼斯接受了膝盖手术。2020-21赛季英超联赛，菲尔琼斯因伤错过了整个赛季。
到了2021-22赛季，菲尔琼斯在英超只出场4次。
2022年9月，在引进了安东尼、卡塞米罗、埃里克森、利桑德罗马丁内斯、马拉西亚、杜布拉夫卡等新援之后，曼联的更衣室已经人满为患，长期缺席比赛的菲尔琼斯因此被清理出更衣室，他只能使用U23青年队的更衣室。
2022年9月，英国媒体表示，菲尔琼斯基本上不会再为曼联出场了。2022-23赛季，菲尔琼斯没有进入曼联的英超大名单，而他的合同将在2024年夏天到期。自从2019年2月与曼联续约以来，菲尔琼斯在三年里只首发过16场比赛，最近三年更是只有2次首发。
2023年5月，曼联俱乐部官方发布公告，菲尔琼斯将在该赛季结束后离队。2023年6月16日，曼联公布夏季离队名单，菲尔琼斯在列。2024年3月，菲尔琼斯正式退役。
国家队方面，菲尔琼斯为英格兰出场27场比赛。
菲尔琼斯不仅在中后卫位置拥有足够的统治力，而且能够出任中后场的多个位置，突破、传球、策应、调度无所不能。而且，菲尔琼斯的精神属性也很强大。在进攻端，作为英超新一代带刀后卫的代表人物，菲尔琼斯在反抢后善于带球长驱直入。改打右后卫时，菲尔琼斯也能在右边路送出高质量弧线球传中。
不过，菲尔琼斯在这些位置都不是球队的首选，虽然盯人能力出众，但他并不擅长快速完成由守转攻。