诏书下达之后，朝廷上下都还是很震惊的，申时行担任首辅多年，尽管朝廷上下确实是对于他的很多做法不太满意的，但是申时行的行政风格温润，很多时候对于官员们的一些小错误都能够予以优容，但是王锡爵显然不是这样的人，往往疾言厉色，对于这些犯错的官员要求予以严厉惩处。
所以在朱载坖批准申时行致仕之后，反而又有很多的官员上疏请求朱载坖留任申时行，尤其是科道官员，他们对于申时行还是很怀念的，毕竟申时行在任上的，一向是采取保护科道官员的态度，即便是朱载坖发怒，申时行也尽量予以保全，这点是这些言官们极为怀念的。
而王锡爵和张居正在这点上是有很大的相似之处的，王锡爵也不太喜欢这些言官们扯淡，对于这些言官们态度是极为不好的，这点言官们是很清楚的，所以他们纷纷上疏请求留任申时行，同时对于王锡爵加以诋毁，甚至是将王锡爵家居之时所做的一支曲子拿来作为弹劾的依据。
当时王锡爵确实是做了一支曲子：“愁多病多，早已鬓毛皤。恩多宠多，转入是非窝。洗耳听渔歌，一一都嘲我。漫天网罗，身被浮名误。三载沉疴，几被阿爹误。只今五表向天呼，决不上长安路。黄粱梦已徂，破衲还堪补，聊就人天小结果。”
科道言官们以此弹劾王锡爵怨望，因为其中有身被浮名误、决不上长安路等语句，朱载坖对于这些奏疏予以留中，要求王锡爵立即履行职责，而王锡爵上任之后，自然也是不负众望的开了第一枪，王锡爵上了一本重经筵以致圣学疏，对于现在太子、太孙的教育提出了自己的看法，除了重视讲官之外，王锡爵也对于储君教材的问题提出了自己的看法。
现在储君教育多以经史为主，但是王锡爵认为贞观政要不必多讲，其中为唐太宗矫饰过多，王锡爵在奏疏中直言不讳的说道：“魏征先侍李密，后侍建成，再侍太宗，乃三姓家奴也，唐太宗胁父弑兄，非为明主，魏征忘事仇，大节已亏，纵有善言，亦是虚饰，何足采择？且君臣善始而不能善终，何以为后世之垂范也？”
王锡爵上疏自然不是仅仅为了一本贞观政要来的，而是要借此机会对于大明的这些言官们开火，王锡爵当然知道这些言官不待见自己，但是不巧的是，王锡爵也不怎么待见这些言官，所以上任伊始就是率先挑事，借由储君豫教一事对于这些言官们予以打击。
王锡爵很清楚，这些言官们名义上是为了所谓的朝廷纲纪，实则往往是为了自己的利益，王锡爵对于这种情况自然是不能容忍的，他在奏疏中就说道：“昔者人臣修身洁己，静性存公，确言行之相孚，端表里之如一，然后匡君未善，以治生民。人臣之居官，进勇不如守专，功茂不如节立，宁方毋圆，宁骄毋随，宁落落如玉毋碌碌如石，宁翩羽高鸣，毋懆幸卷阿之车马以重负。”
对于当今的大明官场，王锡爵在其的第二封奏疏，请大振纲纪以明臣职疏中说的更是十分之清楚，王锡爵在奏疏中说道：“若夫事例应尔而所见或不同，居下者当诚其意，婉其辞，曲譬以开其上，若犹未允，则俟其退而语之。”
他认为朝廷的言官，即便是上疏进谏，也是需要讲究方式方法的，言官进谏的目的是为了匡正得失，使得天下得到大治，君主接受意见，最终达到的目的是：“使人主读之，常以为爱己、亲己而忘其拂逆。”
而不是为了自己的所谓名声，有意的制造君臣矛盾，使得君臣之间“愈直戆则愈决裂”，皇帝背上了一个不纳忠言的骂名，而自己却得到了直言上书的美名，这点不是一个真正爱国忠君的臣子所应该做的。
除此之外，王锡爵的对于管理官员，也有自己的看法，王锡爵认为：“大要在用法不阿，则官吏无敢舞手为奸者。造言多系奸民非穷民，纵之不可，寻之亦不可，必当以严法辅宽政而行。如近来各处要协成风，未必尽为岁俭也，惟高明裁之。”
对于朝廷官吏，要严格执法，他们只要敢于贪赃枉法，就必须予以重惩，绝不宽宥，通过这种方式才能够保证朝廷的各种政策得到实施，和申时行主张守旧法，加以改善不同，王锡爵认为朝廷应该因时变更，以适应形式的不断变化。
王锡爵在请大振纲纪以明臣职疏中首先提出来的就是选人用人，他在奏疏中说道：“吴楚不得剧孟，而亚夫为之喜，唐不用朱克融而河北首乱，迄无宁时，此两人自今日论之，以为何如也？乃其系国轻重，如此岂才与奸固可并用。机智豪勇之人往往用其一偏一曲，各有所至，或摧锋敢死，或足智晓兵，或家富于财而好施，或谭达不羁可使绝域，诸如此类皆罗入士伍中，一体叙录，使之试其豪举于职事，而耗其雄心于利禄。以天下之才任天下之事，使贤者在位，能者在职，用其身则必当使之安其职，惜其去则必当使之全其体。”
其次就是严明法纪，在奏疏中，王锡爵直接指出：“兴天下之利，除天下之害，使内焉顺治，外焉威严，而庶绩为之咸熙者，皆法也！诏令不重则天子为无权，乃今非但朝令夕改，盖有上惮于改，而听下之自改者矣。且法禁视贵贱为宽严，赏罚视缓急为行止，驯致欺玩。人故缘法而举法，必待人而行是。故欲行治法，则修文以示之德，经武以示之威，而安内攘外之功兼举之矣。欲得治人，则本仁以和其衷，尽智以严其辩，而辅理承化之继，恒赖之矣。”
王锡爵一上任，就以两道奏疏明确了自己的态度，表明了自己的施政立场，当然也在朝廷上掀起了波澜。