对于官吏的贪墨，百姓自然也是极为重视的，但是此案更加令人震惊的事情就是其中的卖官鬻爵，这是令官员们都极为愤慨的事情，以往确实是有一些权臣能够做到，但是那都是首辅这些才行的，而且也必须掌握吏部才行，但是这次两个给事中和几名吏员，就能够操纵布政使一级的官员铨选，这使得很多官员们是极为愤怒的。
他们也纷纷上疏要求朝廷严厉整顿科道，这些年以来，科道等官员在朝廷整顿吏治的过程中确实是发挥了很大的作用，揪出了一批贪官污吏，但是由于科道手握监察大权，和地方官员沆瀣一气的也并不在少数，所以很多官员上疏，应该严厉整顿科道，以保证朝廷科道的清廉。
这点得到了朱载坖的同意，命令对于科道进行整顿，主要由吏部进行考察，同时科道之间也要相互纠劾，对于敢于违法乱纪的，要坚决予以整顿。
而接下来就是对于西域的经略了，随着戚金率领大军攻克叶尔羌，生擒阿布都克里木，叶尔羌的统治已经被大明官军终结，自安史之乱以来失去的西域故土重新被大明纳入其中，尽管朝廷已经占领的西域的各个城市，控制了这些地方，但是要想使得西域能够长治久安，还需要朝廷付出很大的努力。
而且战事刚刚结束，朝廷内部要求召回李成梁的声音就已经很大的，官员们的理由也是很充分的，李成梁年事已高，又是国朝重将，现在战事平息，应该解除李成梁的兵权，令其缴回将印，回到京师委以重任，而且很多官员们也上疏之处，李如松作为李成梁长子，任职军机大臣、提督参谋军务总署，职责重大，而李成梁长期在外统兵，恐有未便，重臣们向朱载坖上疏，以保全李氏父子为由，请求将李成梁调回京师。
朱载坖也认为应该将李成梁调回京师了，于是下达命令，命令沈阳伯黑云龙接替镇守青海总兵官麻贵，麻贵调任提督新疆北路军务，李成梁晋位太保兼太子太师、特进荣禄大夫、左柱国、军机大臣兼练兵总理大臣、国子武学祭酒，这是朱载坖将李成梁调回京师的主要目的。
朱载坖自然也是要考虑到李成梁年事已高，再让其征战有些不合适了，但是李成梁作为经验丰富的老将，还是能够起到很大的作用的，尤其是在常备官军的建设上，各个骑兵军的编练，李成梁都可以发挥极为重要的作用，李成梁既然已经回朝，并且解除了兵权，朱载坖就可以放手使用李如松了。
朱载坖随即下达上谕，解除军机大臣李如松提督参谋军务总署的职务，令领班军机大臣俞咨皋兼任，这下相当于亮李氏父子的兵权都予以解除了，朝廷上下对此还是有很多议论的，朱载坖突然将李氏父子的兵权和职务都予以解除了，不知是所为何事。
朱载坖正在召集大将们商量喀尔喀部的事情，尽管大明多次招抚喀尔喀部，但是喀尔喀部都对于大明置之不理，他们愿意和大明保持通商的关系，但是既不愿意朝贡也不愿意称臣，这是朱载坖所不能容忍的，喀尔喀部在漠北，始终是对大明的边防构成威胁的，朱载坖必须解除这一威胁，彻底安定北方。
所以朱载坖召集大将们商量此事，之前朱载坖就已经明确了要对喀尔喀部用兵的决策，但是军机处的大将们都认为，远征漠北确实是难度极大，尤其是后勤和道路问题，当年徐达都铩羽而归，使得这些大将们对于此事还是有一些畏难情绪的。
虽然朱载坖已经命令锦衣亲军等衙门搜集相关的情报，尤其是有关喀尔喀部的环境、地理、水源等的情报，但是对于喀尔喀部，大明确实是缺乏了解，同时很多大将也认为，大明征讨喀尔喀部，其实是有些劳民伤财的，现在大明已经在北部边疆构建起了属夷-外边-内边三重防线，边防的问题已经得到了解决。
现在大明要做的应该是加强对于土默特部、卫拉特部的控制，保证沿边的安定就行了，喀尔喀部远在塞北，很难对大明造成威胁，没有必要大加挞伐。
对于这点，从现实的角度来看确实是如此，喀尔喀部现在确实是没有这个能力去威胁大明，但是朱载坖认为整个蒙古高原必须要在大明的控制下，这样的话，向东遮蔽大明的东北，向西支应卫拉特部，使得整个大明的北部边疆彻底稳固下来，朱载坖所要防备的，不是喀尔喀部，而是从西方来的威胁，一旦那只大狗熊开始扩张，对于大明来说就必须要保证对于北方的稳定控制。
蒙古高原的位置是极为突出，此地曾先后有匈奴、东胡、鲜卑、乌桓、柔然、高车、突厥、回纥、黠戛斯、契丹、室韦/蒙古等部落和民族在这里兴起和衰落。蒙古高原北部的西伯利亚因为气候寒冷，不具备抗衡蒙古高原的人口基础，因而无需细说。南部的农耕民族限于自身属性，自始至终无法向北拓展生存空间，尽管汉人在其强盛之际可以主动出击，但也仅仅是军事上的暂时胜利而已。
要想彻底解决北方的边患，必须对于整个蒙古高原加强控制，朱载坖在地图上和大将们仔细查看，如果失去了对于蒙古高原的控制，只控制漠南的话，华北核心区域直面蒙古高原，处于向上防御的不利局面，漠南蒙古高原狭长，无法提供足够战略纵深。而且，大明东北和西北——鸡头鸡尾变成突出部，三面被外部包围。
这对于大明的国防是极为不利的，所以朱载坖认为，要打服喀尔喀部，在漠北建立起大明的统治，逐步控制蒙古高原，使得大明的国防地理环境得到彻底的改善，这点才是朱载坖想要的目的。