对于朱载坖来说，这次借由李三才案再度明确了朱载坖的态度，对于朦胧推升和结党，朱载坖是绝对不能容忍了，这点是朱载坖一直以来所明确的态度，而西域的战报也抵达了京师，戚金统帅官军，攻克了叶尔羌城，生擒叶尔羌汗阿布都克里木，正在解送京师。
同时臧巴汗政权也再次派遣使臣，向大明上表请封，藏巴汗希望大明能够册封藏巴汗，承认藏巴汗和帕木竹巴政权在乌斯藏各自的势力范围，迎回大宝法王，大明朝廷派遣驻藏大臣等，都是可以答应的，对于藏巴汗的乖觉，朱载坖还是很满意，朱载坖命令礼部商量册封一事。
还有给土默特部下旨，要他们准备护送大宝法王，理藩总署也要拟定驻藏办事大臣的相关职责，加强朝廷对于乌斯藏的控制，包括派遣驻军的规模，轮换方式等，这些则是要和参谋军务总署商量。
对于朱载坖来说，现在比较重要的就是内地经济的发展问题，现在虽然实施了官员更易的办法，但是这些办法都是缓不济急的，对于对于朝廷来说，现在是要为各个内陆省份的发展进行思考的时候了，这点朱载坖还是很清楚的，之前户部尚书庞尚鹏也上疏讨论过此事，对于朝廷来说，在财政有限的情况下，对于这些地方的发展问题，还是要分门别类予以讨论。
各个省份的资源禀赋不同，基础设施不同，所要采取的各种措施就不同，此事应该是地方官府为主，朝廷为辅，朝廷自然是可以对于这些地方官府进行补贴的，但是要根据朝廷的财力，能够达到了目的等，进行不同的规划，朱载坖将庞尚鹏的奏疏下内阁以及部院商议。
在这种情况下，朝廷内部对于此事又开始讨论起来，朱载坖现在玩这些套路是很熟悉的了，先是利用现在沿海和内陆省份经济发展不均的这个问题挑起朝廷的热议，然后又将接着抛出咨议院的提案，要建立大明的民意机关，而在此时，朱载坖借由李三才上疏一事发作，一来是借此机会再次敲打朝臣们，二来就是转移朝廷对于咨议机构和地方经济的关注。
在朝廷关注李三才案的时候，朱载坖已经批准了内阁所起草的咨议则例，并且任命杨俊民负责组织筹建咨议机构，同时从都察院抽调了相应的御史，到这些试点的地方去监察咨议委员的推选过程，保证按照咨议则例的规定推选咨议委员。
而现在朱载坖自然是要回头来处理地方经济的问题了，朱载坖之所以要对此事拖一段时间来解决，主要是要等各地地方督抚、布政使等官员的奏疏们上来，他们作为地方大员，对于经济发展是负有责任的，同时他们也熟悉当地的情况，能够为朝廷提供相应的信息。
朱载坖于是决定亲自主持国务会议，召集内阁、部院、科道官员一道商量有关地方经济的事情，最近以来，不管是在内阁还是在朝廷上，有关地方经济的问题一直就是朝廷的热点问题，申时行为此也和沈鲤、王家屏、陈于陛等人商量过多次了，申时行认为，现在对于朝廷来说，海关关税是最为重要的赋税，也是朝廷的财政支柱，所以在这种情况下，申时行等人认为，要优先保证朝廷的赋税增加，保证关税，大力发展沿海的工商业。
而内陆省份就可以凭借为沿海省份提供原料等获得收益，同时获取资金的积累，逐步发展工业，这样的主要好就是朝廷不必过多的进行干预，同时朝廷也不必过多的进行投资，这样的话逐步发展内陆的工商业。
但是这点遭到了沈鲤等人的坚决反对，他们认为朝廷必须要干预经济发展，沿海和内陆省份是不同的，沿海本来就经济发达，富商巨贾多，有充分的资金积累，能够依靠民间的资金发展工商业，而内陆省份则是相对贫瘠，他们本来就缺乏资金，即便是内陆省份的这些地主士绅，他们看似家财万贯，但是实际上构成他们财产的主要内容是土地，他们手中的资金是不多的。
在这种情况下，依靠当地的资金去发展工商业，是显然不太现实的，所以沈鲤等人认为，朝廷必须要加以干预，才能够使得这些内陆省份的工商业得以发展，在今天的国务会议上，沈鲤等人仍旧是持这个观点，同时对于大明的内陆省份，也要予以分门别类的支持。
对于，沈鲤和陈于陛还有户部拟定了一个计划，他们认为，内陆省份中，如陕西、甘肃、云南、贵州、湖南、宁夏等省份，他们要么原本比较贫瘠，要么当地的少数民族众多，所以现在的主要任务是大力修建基础设施，保障粮食等基本的物资能够满足需求，同时继续推动改土归流等政策，稳定局面。
而河南、北直、湖北、江西、山西、辽东等省份，不管是交通还是基础设施、人力等，都还是有一点优势的，朝廷应该重点投资这些地方，因地制宜的发展这些地方的工商业，使得大明沿海和内陆的发展得以平衡。
沈鲤出班奏道：“陛下，河南中州之地，北方粮储所赖，且地势平坦，直道众多，山西有煤铁之利，且近北虏，皮毛纺织，甲于天下，江西瓷器，行销四海，辽东精铁，军需所重，此皆朝廷之所仰仗，若能以朝廷之利，兴工商之业，民生安定，则我大明不复有反侧之忧也！”
这些内地的臣子们都是主张大力发展内地的工商业，满足国内市场的需求，而沿海的工商业，主要是为了满足海上贸易的需求，两者是有很大的区别的，他们认为朝廷应该主动介入经济，以朝廷的力量兴办工商业，同时鼓励这些地方的工商业发展，进一步放开禁榷等管制措施。