为了保证大明银行的准备金不被挪用，太子还制定了极为严格的措施，尽管大明银行是直接由少府监控制的，但是为了保证大明银行的安全，尤其是朝廷有可能挪用这些资金，除了朝廷派遣的官员之外，地方民间银行、钱庄、票号等也都要派遣董事进入各地的大明银行，审查账目，发现有被挪用的，可以直接向户部、少府监、巡按御史等予以举报，这是关系到朝廷金融安全的事情，肯定是要重视的。
而在西苑，朱载坖正在召见右都御史劳堪，听取他对于朱纨一案的调查情况，其实此事并不复杂，对于都察院来说，当年的各种档案都还在，所以都察院要想查其实是非常之方便的，事情也并不复杂，以劳堪的老辣，当然早就有所结论了，但是在朱载坖没有要求他公布之前，尽管内阁多次要求都察院拿出结论来，劳堪都以案情重大、复杂为由，没有回复，现在朱载坖召见，劳堪自然是一五一十的向朱载坖详细陈述此事的始末了。
仅就案情而言，其实此事并不复杂，劳堪向朱载坖陈奏道：“陛下，纨自巡海以来，革渡船、严保甲、搜捕奸民，获交通诸番者不俟命辄斩。浙闽势家素为诸番内主，骤失重利，多怨纨，纨又数腾疏于朝，显言大姓通倭事。此则构怨于闽粤大姓也。恶墨吏大猾如仇雠，前后所操切，黄墨以下，多望风解印绶去。视事日，悉扫一切应酬，蚤夜申约束通海内地奸民。当是时瓯、粤诸贵人多家于海，其处者与在朝谋，务破败公所为，至革巡抚为巡视，稍削其权。公闻之益怒。数上章廷辨，因而有侵执政语，执政闻之，亦不善也。”
在这个阶段，双方还是主要是在朝廷上的交锋，由于朱纨在朝廷的靠山夏言被严嵩斗倒，使得朱纨有些恐慌，同时在闽粤官员们不断上疏之下，朝廷将朱纨的巡抚改为巡视，部分削夺了朱纨的权柄，而朱纨就此上疏激烈的辩驳，使得刚刚上任的严嵩对朱纨的印象极差。
而朱纨也对朝廷更加不信任，给事中叶镗上疏就认为：“纨以一人兼辖二省，非独闽中供应不便，即如近日倭夷入贡，舟义舟浙江海口，而纨方在福建督捕惠安等县流贼，彼此交急，简书狎至，纨一身奔命，已不能及矣。今闽、浙既设有海道专官，苟得其人，自不必用都御史，如不得已，不如两省各设一员。”
在闽粤官僚们的通力合作之下，朝廷对于朱纨的权柄加以削夺，嘉靖御批道：“浙江巡抚，去岁无故添设，一时诸臣依违议覆，以致政体纷更。今依拟，朱纨仍改巡视，事宁回京。凡一切政务，巡按御史如旧规行。”
而在朱纨走马溪一战后，擅自将九十六人斩首，给了那些反对他的官员最好的口实。以巡按御史陈九德、给事中杜汝桢、叶镗等人为首，以擅杀弹劾朱纨，而詹荣在兵部极力赞同，兵部尚书翁万达对于此事也不置可否，放纵他们弹劾朱纨，首辅严嵩则是对于朱纨极为不满，想借此事杀一杀朱纨的威风，但是没有想到朱纨如此刚烈，直接自戕。
所以劳堪认为，在朱纨一案中，应当负主要责任的是时任巡按福建御史陈九德、给事中杜汝桢、叶镗、兵部侍郎詹荣，而时任兵部尚书翁万达也负有失察放纵之责，对于劳堪的这个结论，朱载坖还是比较认同的，朱载坖于是问道：“那以总宪之意，应当如何处置啊？”
劳堪当即说道：“此非臣之所能言者！”
朱载坖于是说道：“就以此具奏吧。”劳堪领旨之后，就按照这个结论正式上奏朝廷，对于这个结论，朱载坖认为还是不错的，朝廷各方也还是比较满意，即便是东南士绅们也认为这次朝廷的追责还是比较严厉的，所以申时行票拟予以同意，朱载坖御批：“以此付之公论！”
朱载坖的意思很明确，就是要将此事的议罪交给朝廷，由臣子们先商量好之后再具奏皇帝，首辅申时行领旨之后再文渊阁召集部院、科道的官员们一道商量此事，朱载坖也已经同意了都察院的结论，接下来就是相关的议罪程序了，其实主要分歧就是两个。
第一就是对于主犯陈九德等人，是否要使用追夺出身以来文字，东南士绅们坚决要求追夺出身以来文字，因为他们本身就不是什么大官，死后也没有赠谥等殊荣，如果仅仅是予以剥夺官职的话，实在是过于轻纵了，所以申时行等人都要求直接将陈九德等人削籍、追夺出身以来文字，以正国法。
第二就是翁万达的处理，在朱纨一案中，翁万达虽然不是首犯，但是在其中也有放纵默许的行为，同时作为时任兵部尚书，在朱纨一案之中，翁万达虽然态度暧昧，但是实则是倾向于陈九德的，但是翁万达是为大明立过大功的人，历任广西梧州府知府，陕西布政使、巡抚，宣大总督，兵部尚书等职，曾参与处理安南动乱，后期统理北部边防，抗击蒙古俺答汗侵扰，统边五六年间，屡立战功。又修筑大同宣府间长城800余里，烽堠300余座，使边境得以安定。
庞尚鹏、陈经邦援引议功一条，要求予以宽大，这点也确实是有道理的，毕竟翁万达并非首犯，罪责也不大，应当予以宽大，所以庞尚鹏、陈经邦认为降低赠官或者是申斥就足够了。
但是申时行认为必须要革除赠官，并且加以改谥才行，这点是庞尚鹏等人无法接受的，因为谥号是朝廷对于臣子盖棺定论的评价，一旦改谥，就算是一字之差，也是谬之千里，这点申时行他们是很清楚，所以他们才要求改谥，尽可能的给翁万达一个恶谥，好恶心整个闽粤集团。