庞尚鹏在奏疏中指出，榷茶和贡茶，并不是朝廷征收茶税的方式，确定榷茶和贡茶量，只是为了满足朝廷的各种需求，不管是宫廷还是朝廷的各种需求，这是确定朝廷贡茶和榷茶数量的主要因素，而朝廷向茶叶征收赋税，主要是在海关和各钞关进行的，所以增加贡茶和榷茶数量和朝廷的赋税其实是没有任何关系的，这点庞尚鹏说的确实是正确的。
同时庞尚鹏认为增加榷茶和贡茶的数量，不如切实做好关税的征收等工作，一样可以保证朝廷的赋税。对于申时行的这些办法予以反制之后，庞尚鹏也清楚，不能够在这么下去了，申时行毕竟是首辅，在很多情况下确实是有极大的优势的，首辅可以利用他在行政上的主导地位，不断的对闽粤施加压力，这点是对于闽粤来说极为不利的事情，所以庞尚鹏来说，这样做实在是过于被动了，所以对于庞尚鹏认为应该主动出击。
这点确实是现在很多闽粤籍官员们的想法，对于他们来说，这次确实是十分之窝囊，东南商人不仅仅有雄厚的资本，在朝廷上也有极为强大的力量，这点是闽粤商人们所不具备的，所以在这种情况下，朝廷上的斗争闽粤集团确实是很吃亏，但是他们也绝不是什么坐以待毙的性格，既然苏松士绅们这么步步紧逼，那闽粤集团自然也不会就此罢休的。
庞尚鹏于是上疏，详细论述有关海关关税的事项，要求全面整顿海关关税，保障朝廷的收入，作为户部尚书，庞尚鹏所掌握的情况还是很多的，闽粤确实是现在大明走私最严重的地方，但是仅仅只有闽粤走私吗？显然不是，苏松等地一样也存在走私，只不过方式更加隐蔽罢了，苏松主要是以虚报价格，买通海关官吏，降低关税，进行夹带等走私活动，这点其实是海关都是很正常。
同时还有行商和海关官员相勾结，共同舞弊等事项，对于朝廷来说，这些事情都是很正常的，但是庞尚鹏请求对于全国的海关进行大查缉，对于其中的各种情弊全部予以揪出来严惩，同时在地方官府和海关总署的主持下，再次对于行商予以更易，不允许行商长期把持报关等事项，这点是极为重要的。
庞尚鹏此举在于对于这些苏松士绅予以反击，既然苏松士绅要做初一，那闽粤集团就要做十五，大家都不要好过，这点也得到了朱载坖的御批同意，对于整个海关和税务系统予以整顿，不仅仅出动户部和都察院、诸科官员对于账目等予以稽查核实，同时还要对于各海关、税务分司等衙门进行轮调清查，保证朝廷的赋税确实，这点正中朱载坖的意思。
而在朝廷进行斗争的时候，吴兑派来报捷的使者也已经到了京师，官军在交河大败叶尔羌，现在戚金等部官军在休整和补充粮秣之后，分路进剿，与李成梁部向呼应，直取叶尔羌，消灭叶尔羌汗国，控制整个西域一直是朱载坖的战略目的，朱载坖对于官军在西域的战事充分予以放权，给前线诸将以自主权。
不过对于一件事情，朱载坖是看的很重的，就是对于科布多的屯垦适宜，朱载坖认为科布多是大明经略西域北部，控制卫拉特四部的重要据点，所以必须要加以控制，在科布多设立卫所，加以屯垦，同时派遣重兵驻扎，威慑卫拉特部，同时拱卫西域北部，这点是极为重要的。
这里需要派遣一个性格严肃的官员，同时要适应当地的气候，毕竟这里极为苦寒，官军又是在这里加以屯垦，条件肯定不会太好，而且要年富力强才行，经左都御史温纯推荐，内乡县令雒于仁进入了朱载坖的视野之中，他年富力强，同时地方经验还是很丰富的，朱载坖认为他可以担当此任，朱载坖于是命令召其御前召对。
同时在科布多设立分守参将，驻防于此，军机处会推原万全参将张臣，他也算是大明官军之中的勇将了，出身行伍，初任队长。蹻捷精悍，搏战好陷坚。从千总刘朋守黄甫川时，因单骑驰救被围的刘朋，射中敌魁，夺马载归，由此闻名。历任宣府膳房堡守备、延绥游击将军。在蒙古人中颇为威名，善于指挥骑兵，这点是很重要的，因为在科布多附近，骑兵是主要的作战兵种，这点朱载坖还是很清楚的。
所以朱载坖命令组建科布多分守参将和科布多诸卫，建立大明在西域北路的实际控制，同时科布多也是大明和卫拉特四部的贡市所在地，所以还是极为重要的，而另外就是对于整个大明官军的新编制的实施问题，之前朱载坖将京营和亲军诸卫合编为京军，以天子六军为名，实施了新编制，以军作为大明官军的最大编制，以总兵官统领之。完善了各军的参谋、后勤、军法等机关的建制，事实证明，这种体制更加灵活。
朱载坖随即启动了第二轮的军事体制改革，加强朝廷对于官军的控制，对于原本的提督总兵体制加以改革，在京军的改革完成了之后，对于大明各地的官军也要予以统一编制，实施营伍制度，以军师加以管理和控制，这样一来，就将大明的总兵自然分为两种了。
第一就是信地总兵，也就是配置在大明各省，有自己的辖区的总兵官，他们的任务是负责管理本辖区的都司卫所、边堡以及相应的官军，主要任务就是守土，安定地方，同时将各都司卫所也都划归这些信地总兵们管理，卫所从军事编制变为了军事行政单位，负责军屯的管理，士卒的招募和退伍军官士卒的安置等事务，同时下辖一定数量的师团等官军用以守卫大明国土。他们的主要任务就是守土，有固定的辖区和相应的部队，也有明确的任务。