吴兑当然很清楚的这一点，叶尔羌还是有很充足的兵力的，如果官军还要接着打下去的话，对于官军来说说确实是能够击败叶尔羌人的，这点吴兑认为问题还是不大的，但是这样一来官军的损失就会很大，这样肯定是划不来的，因为这些军士主要是卫所军士，他们是朝廷在西域屯垦的主要力量，不能牺牲他们，他是未来朝廷经略西域的重要的力量，能够保全肯定是要尽可能保全的。
而吴兑还有一个想法就是戚金的大军很快就要赶到了，到时候将这些人交给戚金来对付，岂不是更好，所以吴兑直接下令收兵回营，叶尔羌人也收拢兵马回到自己的营寨，双方各自清点损失，官军伤亡一千余，其中四五百是女真人，而叶尔羌军队伤亡三千余，这仗已经是打不下去了，这点大部分的叶尔羌将领都是很清楚的。
但是在下一步应该怎么办的问题，叶尔羌将领们的分歧是很大的，部分叶尔羌将领认为现在情况已经是无法战胜大明官军了，所以在这种情况之下，应该果断撤回去，但是还是一部分叶尔羌的将领们认为虽然官军的战斗力很强，但是官军的人数还是不足，叶尔羌军队拥有兵力优势，不能轻易撤退，而且地道也在持续挖掘当中，对于叶尔羌军队来说，还是有获胜的可能的。
阿布都克里木汗确实不想现在就撤退，毕竟这样做对于他的威信是极大的打击，所以阿布都克里木汗是坚决不同意撤军的，就这样灰溜溜的回去，对于他的地位将会是极大的打击，但是他不知道的是，李成梁此刻已经从伊宁抄他的老家了，而同时叶尔羌的将领他对于蒙古人迟迟不到产生了怀疑，按说官军在交河、轮台的兵马都在此处了，难道蒙古人在路上迷路了吗？
事实上蒙古人取道阿拉沟，还在和交河前卫的对峙，蒙古人现在对于直接进攻交河前卫已经没有任何指望了，虽然仍旧在交河前卫对峙，但是实际上已经是在打发时间了，而交河前卫也乐得如此，因为官军现在最缺乏的就是时间了，既然蒙古人不进攻，那么官军就卡在阿拉沟就好了，吴兑也传檄交河前卫，令他们守好阿拉沟，不让蒙古人越过即可。
叶尔羌军队也在搜寻这些蒙古人在哪里，但是他们派出的哨骑都被交河前卫的尖哨给打了回去，这就很能够说明问题了，官军依旧牢牢控制着交河西面的交通要道，而马栋也在准备给叶尔羌人一点颜色看，叶尔羌人一直在挖掘地道，但是官军并没有立即采取措施，而是通过不断的监听确定叶尔羌的地道的准确方位，然后官军也在针对性的挖掘地道，准备予以反击，对于这种所谓的穴攻，大明所积累的战争经验不要太丰富了。
从春秋战国时期，穴攻和反穴攻就是城市攻防作战中的一个要点，为了防范穴攻，主要有几种方式，确定敌人地道的方位后，即挖掘反地道相迎，务须截住敌人的地道，办法仍是从地下监听，根据敌地道的方位随时校正反地道的方向。
同时，在反地道口修建窑炉，装设鼓风皮橐，每炉四橐。窑炉内充填柴、艾，其排烟口接装陶质烟管（瓦窦），伸入反地道内，并随反地道的延伸而向前铺设。当挖通敌地道后，窑炉急速焚烧，靠皮橐鼓风将浓烟由烟管泵入敌地道内熏敌，配备短矛、短戟、短弩等特制兵器的战士也投入战斗，将敌坑道工兵从地道中赶走或将之消灭。
烟熏是穴攻中很重要的手段，攻守双方都经常使用烟熏来攻击对方的工兵，还会使用连板，即木条连合成的大板，高宽与地道相结合，用以挡烟；板上凿出孔洞，以便矛矢向外击射，同时以防敌人阻塞输烟管；如果敌人塞住了输烟管，就将板后的输烟管凿开，然后迅速引板后退。
除了烟熏之外，还有灌水，或者是设置陷阱等办法，墨子中就讲过：““审知穴之所在，穴而迎之，穴且遇，为颉皋，必以坚材为夫，以利斧施之，命有力者三人用颉皋冲之，灌以不洁十余石。”
这种办法就是一种陷阱和突然袭击的办法，当反地道与敌地道将透未透之际，用这种巨斧猛然撞击工作面，一下将之打通，继之以突如其来的各种攻击手段，使敌猝不及防。叶尔羌人和大明官军玩这些，确实是有些不自量力。马栋详细了侦察叶尔羌人地道方位，决定使用爆破的形式加以破坏，这样是最简单的。
官军不必明确探明叶尔羌地道的具体位置，同时也不必和叶尔羌士卒近战肉搏，直接将地道挖到叶尔羌人所挖掘的地道旁边，然后引爆预先埋设的火药即可，对于官军来说，这样是最简单的办法，因为交河附近的土壤以砂质土壤为主，本身就很松散，在火药爆炸的震动就能够将叶尔羌人的地道震塌，所以官军也开始相对应的挖掘地道，同时准备埋设火药。
而朱载坖则是在京师忙于处理卫拉特部的首尾，虽然大明已经和卫拉特部达成了协议，但是还要做的事情还是不少的，按照大明和顺义王、卫拉特四部等商定好了的程序，由卫拉特四部通过顺义王向大明朝廷上疏，请求入贡，而后活佛也向朝廷上疏，称卫拉特部是诚心归顺，为卫拉特四部担保。
朱载坖在收到奏疏之后，将奏疏发转礼部理藩总署处理，拟定详细的封贡条款，以明发上谕的形式昭告天下，册封卫拉特部的大小首领，同时拟定相应的贡市规则等，还有科布多城的兴建，办事大臣和卫所的选派等，这些事情都需要先确定好之后再施行。
朱载坖还命令加大对于喀尔喀部的招抚，因为现在土默特、卫拉特部皆已封贡，仅剩喀尔喀部在漠北，尚未归顺。