对于卫拉特四部，朱载坖采取了拉打结合的措施，一方面命令李成梁对于卫拉特部中坚决反对向大明媾和的准噶尔部，要坚决予以打击，削弱准噶尔部的力量，同时向卫拉特部展示大明的实力，另一方向对于和硕特部，则在土默特部的帮助下予以拉拢。
朱载坖承诺在达成封贡之后，大明皇帝亲自册封和硕特部首领为卫拉特部首领，赐爵郡王，仅次于顺义王，顺义王虽然也是郡王，但是赏亲王服色，是大明在蒙古的重要代言人，也是大明控制蒙古的主要手段，而卫拉特部在归顺之后，大明在科布多等地设立卫所，派驻办事大臣，同时和卫拉特部开展贸易，帮助卫拉特部解决各种所必须的物资，同时对于卫拉特部的各级首领，也都要予以册封。
当然除了这些好处之外，朱载坖也明确的说明，如果卫拉特部不接受这个条件，那朱载坖就会继续派李成梁给卫拉特各部搬家，李成梁这个名字，现在蒙古人耳中如同恶魔，不管是土蛮还是土默特部，还有现在的卫拉特四部，都曾是李成梁海扁的对象，对于他，蒙古人是十分畏惧的。
而土默特部也在劝说卫拉特四部，尤其是和硕特部，他们已经失去了乌鲁木齐的住牧地，现在准噶尔部也被官军从伊犁河谷给赶了出来，都是没有住牧地的情况，一旦瓦剌三部联合起来消灭和硕特部，这并非不可能的事情，这点也确实和硕特部酋长们所担心的事情，同时通过连续的战争，卫拉特四部也看到和大明正面对抗是绝对没有好处的，所以最终以和硕特部为首的卫拉特四部和大明还是达成了封贡和议。
根据张学颜和卫拉特部使臣所达成的协议，卫拉特四部向大明称臣纳贡，向大明皇帝上九白之贡，同时承认顺义王是蒙古共主，大明皇帝册封卫拉特部首领为忠义郡王，其余各部落首领，按照部落大小，各授予从都督佥事到千户不等的职务。
同时大明在科布多派驻办事大臣，修筑城池，派遣官军驻守，和卫拉特四部通贡贸易，卫拉特四部是大明的属夷，从阿尔泰山、额尔齐斯河以西、以北都是卫拉特四部的住牧地域，而在卫拉特四部遭遇侵略的时候，大明也要出兵予以援助，而大明在征战的时候，也可以从卫拉特四部抽调兵力，但是要比照官军士卒给予军饷，同时对于卫拉特士卒所获取的军功，大明也要予以赏赐，卫拉特四部为大明守卫西北边陲，同时大明通过赏赐、通贡贸易等方式对于卫拉特四部加以接济。
总的来说，这份条约对于大明来说也算是有利，同时也使得卫拉特四部有了合法的住牧地，至于伊犁河谷，那是朝廷重点屯垦的地方，自然是不能给蒙古人的，但是大明可以在粮食上对于卫拉特部予以接济，同时在土默特部、大明和和硕特部已经格鲁派活佛的见证下，还签署了一份密约。
密约的主要内容就是和硕特部向大明输诚，换取大明支持和硕特部成为卫拉特部的首领，大明扶持和硕特部成为卫拉特部首领，承认和硕特部对于卫拉特四部的领导，同时和硕特部首领的子弟送大明国子监学习，等到成年之后再回到部落中去，大明在科布多也要开办学堂，教授蒙古人汉语、汉字等。
在达成了这些协议之后，和硕特部代表卫拉特四部向大明上九百之贡，以示臣服，同时朝廷也谕令李成梁放准噶尔残部离开，不再予以追击，之前被服的准噶尔首领，解送京师，予以正法，朱载坖明发上谕，承认和硕特部为卫拉特四部首领，同时选定科布多办事大臣，设立科布多五卫，在科布多等地修筑城池，屯垦戍卫，同时将部分迁移到西北的女真人也安置到这里，加强朝廷对于西北的控制。
至此，西域北路已经抵定，接下来就是南路的问题，叶尔羌汗国毕竟是个国家，所以必须予以消灭才行，根据参谋军务总署的命令，李成梁统帅西域北路的朝廷骑兵兵团南下，自伊宁南下，取道昭苏，直取阿克苏，断绝叶尔羌大军归路，同时动员西域各卫所官军参战，从北、东、东北三个方向包夹叶尔羌汗国，李成梁兵团和戚金兵团是官军主力，主要负责控制阿克苏、库车、喀什等地，而董一元所率领的官军偏师，则是主要负责控制和田等地，在歼灭叶尔羌汗国主力之后，官军各兵团可以适当分兵，控制各地。
为了加强对于西域的控制和朝廷日后控制西域的稳定，朱载坖给各兵团统帅都下达了密旨，要求他们对于这些祸首，痛加剿除，永绝后患，不管是白山派还是所谓的黑山派，都要予以坚决消灭，防止这些宗教势力日后成为影响大明西域稳定的力量。
而在交河，官军和叶尔羌的交手仍在继续，叶尔羌人确实在实施穴攻，但是进行的很不顺利，因为交河城在河边，而整个交河城又在一个相对比较低的地方，所以这里的地下水位很高，而且现在正是春季冰川融水的时候，地下水丰富，叶尔羌军队的坑道挖掘很不顺利，地下水严重的阻碍了他们的挖掘。
而且吴兑也在积极采取行动支援交河，原本阿布都克里木汗的想法是叶尔羌军队两路并进，从西面来的蒙古骑兵可以牵制官军从轮台方向驰援交河，但是现在交河前卫将这些蒙古人阻挡在了阿拉沟口，使得轮台的官军可以直接驰援交河，这对于叶尔羌军队来说是极为不利的。
也有将领提出干脆引水灌城，但是这同样需要极为庞大的劳动力，以现在叶尔羌军队的数量，是很难完成这么庞大的工程的，所以在阿布都克里木和众将商量之后，决定继续穴攻。