官军在阿拉沟堡加固工事，严阵以待，同时夏尔沟的守军也带来了有关叶尔羌汗国的军队的相关情况，针对叶尔羌汗国的相关特点，官军也对工事做了相应的调整，阿拉沟口的地势相对要宽阔一些，便于双方展开兵力，这点对于官军来说是相对有利的。
阿拉沟起奎先达坂东侧，东至阿拉沟口以东约十四里处，全长约二百里，深度在三丈到三十丈之间，平均宽度一里，形成一条弯曲的狭长山沟；地势险恶，最窄处仅能通行车辆，具有“一夫当关，万夫莫开”的易守难攻特点，而阿拉沟口呈现一个喇叭形，便于叶尔羌人展开兵力，同时也便于官军发扬火力。
叶尔羌军队比之北虏还是要有韧性的多，所以官军的火力必须要强，足够压制住叶尔羌人才行，对于官军来说，必须要以严密的火力压制住叶尔羌人，才能够取胜，毕竟叶尔羌人在兵力上还是占据优势的，所以官军在火力上必须要压制住叶尔羌人，同时根据官军在夏尔沟和叶尔羌人作战的经验来看，在近距离，叶尔羌的弓箭对于官军还是有一定威胁的，所以官军必须要准备防箭的各种用具，同时控制好和叶尔羌人的距离，尽可能的避免近战肉搏。
同时在阿拉沟口，官军也广泛的埋设地雷，用以阻止叶尔羌人的进逼，官军为了发扬火力，以阿拉沟堡作为官军的防御核心，封锁整个阿拉沟口，虽然官军的士卒们都是卫所兵，但是一众军官们都是久经战阵的老兵了，他们大多是因为年龄大了，在镇协官军中无法提拔，才转入卫所的，他们的战斗经验是十分之丰富的，所以在一众军官们的指挥下，官军加紧构筑工事，迎战叶尔羌军队。
而在交河城，马栋收拢官军各部，在交河城迎战叶尔羌从西南而来的军队，交河作为大明在西域的重要据点，其防御力度自然是很强的，朝廷新建了交河城之后，对于交河的城防还是极为关注的，交河城是按照府城规模建设的，同时也是按照卫所的形式加以建设的，防御对于交河来说是首先要考虑的问题，因为交河是官军重要的粮秣和军器弹药的囤积点，防守严密。
马栋放弃了交河西南的烽燧和边堡，改为派遣尖哨查探叶尔羌的军队的动向，叶尔羌军队也是直接从西南直扑交河，这点正中马栋的下怀，现在戚金部已经在哈密休整完毕，正在从哈密赶赴交河的路上，马栋只需要坚守待援即可。
而在阿拉沟口，叶尔羌的蒙古人抵达沟口的时候，官军已经是严阵以待了，交河前卫以四千余人，死守阿拉沟口，叶尔羌汗国的首领们也很清楚不击败当面的官军，他们连交河城的边都摸不到，比之夏尔沟，阿拉沟口要平坦宽阔的多，但是官军的准备也比夏尔沟要强的多，这点叶尔羌人是很清楚的。
官军以鹿角、铁蒺藜等物阻挡叶尔羌人的骑兵，使得叶尔羌人不得不下马步战，不过这些叶尔羌人所能够投入的兵力比之之前要多的多了，在夏尔沟，叶尔羌人一次仅能够投入数百人，空有兵力优势也不能展现出来，但是阿拉沟口一次就可以投入数千人，使得叶尔羌人的兵力优势能够发挥出来。
叶尔羌人当然知道官军的火器犀利，所以他们将军队分成数队，然后首先逼迫西域各部族的奴隶们率先向官军发动进攻，排除和破坏官军所设置的各种防御设施，官军也是积极准备，和夏尔沟堡不同，交河前卫作为一个独立卫所，和守御千户所相比，除了有一千余人的脱产士卒和重炮之外，还有一支百余人的善射队，使用官军的线膛燧发火铳，这些士卒都是本卫中的善射之士，官军一般将他们作为散兵使用。
由他们两三人一组，自行选择射击地点，主要是射杀敌军中的军官、传令兵等重要目标，专门打击敌军的指挥体系，交河前卫将这些人都撒了出去，专门打击这些叶尔羌人。
叶尔羌军队的军官们驱使着自己部落中的奴隶进攻官军的防线，希望通过这些奴隶来消耗官军的弹药，同时试探出官军的火力弱点，他们当然知道官军的火力强大，硬刚官军是没有什么好下场的，所以希望通过用这些奴隶来消耗官军的弹药，但是官军也明白叶尔羌人的意图。
交河前卫指挥使命令官军的火炮等都不准射击，同时命令打击叶尔羌的军官们，在叶尔羌人的趋使之下，数千奴隶冲击官军的防御阵地，而官军这边则是极为冷静，冷漠的看着这些人接近，很快他们就进入了官军所布设的雷区中，这次官军所使用的是拉发手雷，所以握紧拉绳的士卒要等候军官们的指令才会拉动拉绳，引爆地雷，但是军官们显然是不会为了这些奴隶而浪费宝贵的地雷的。
这些奴隶接近官军的阵地后，首先打响的是官军的燧发线膛火铳，这些火铳也是官军中射程最远的火铳，他们主要打击的对象就是在后面压阵的叶尔羌军官，只要没有这些军官的督促，这些奴隶是不可能有什么战斗力的，所以官军任由他们接近官军阵地，军官们严厉的控制着士卒，不准开火，违者军法从事。
以往官军由于纪律差，同时缺乏训练，往往会出现部分士卒由于紧张也提前发射火器的行为，而且往往是一人发射带动一片，使得官军的火器威力大打折扣，现在官军以严格的军纪要求射手听从指挥，不准乱放，所以尽管这些叶尔羌人已经进入了官军的火器射程之内了，但是官军仍旧没有开火，不过官军的散兵一直在不断的射杀叶尔羌的军官们，以减弱他们对于这些奴隶的控制程度，给官军的齐射创造条件。