在收到吴兑的加急奏报之后，朱载坖立即召集内阁辅臣、军机大臣和参谋军务总署的相关军官们，一道商量应该怎么处理此事，在朱载坖进行军事体制的改革之后，办理军机事务处成为了大明水陆官军的最高统帅机关，主要负责进行战略指挥，也就是决定和战和在战略方向上实施进攻与防御的决策，就是进行所谓的决心确定的机关。
而在决心确定之后，就是要进行贯彻实施了，参谋军务总署作为军令机关，按照皇帝和军机处所确定的决心，组织相关官军各部实施战役指挥，而各提督、总兵则是负责具体的战术指挥，在这种体制之下，参谋军务总署的职权就极重了，参谋军务总署要负责具体战役的组织，规划和决策，直接向提督、总兵们发布命令，提督、总兵再根据参谋军务总署的指令进行作战。
所以朱载坖这次召见了提督参谋军务总督李如松，同时还有参谋军务总署的各司军官们，这是大明军事制度大规模改革之后第一次大规模的战事，所以朱载坖也要查看这种指挥体系的优缺点，李如松携带舆图向朱载坖加以汇报，朱载坖一向要求言之有物，不准空言，尤其是军事方面，各种作战计划必须要完备，图上作业是大明军官们现在的必修课。
这些年轻的军官们正在各级参谋机关和中下级带兵岗位中占据越来越多的比重的，朱载坖当然清楚，指挥艺术有时候确实是需要天分的，但是通过军事学院的培训，最少要保证大明军官和参谋机关的下限，这点是极为重要的，大明是一个大国，在战争中，大国取胜的方式是少犯错误，也就是所谓的大国不尚奇谋，对于大明而言，官军的指挥机关只要能够不犯错误，大明官军就已经立足了不败之地的，所以重要的就是提高军事决策的下限，至于将才，那是需要实战中锤炼摔打出来的。
李如松代表参谋军务总署向朱载坖和军机大臣、内阁辅臣们汇报参谋军务总署的相关建议，首先就是对于战局的分析，参谋军务总署认为，虽然叶尔羌汗国遂行的是进攻作战，但是本质上仍旧是防御性质的，叶尔羌汗国的目的在于控制交河，使得西域北路的官军不能南下，从而减轻自己的压力，对抗从哈密来的官军。
现在的情况并没有改变大明和叶尔羌汗国之间的攻守关系，其次就是现在两军的实力对比，朝廷在交河所部署的卫所之兵有三卫，即交河卫，交河前卫，交河后卫，由于交河地处西域边陲，所以脱产士卒的比例较高，达三成，即四千五百人，还可以动员一万的卫所士卒和相当数量的军余子弟，加上驻守交河的两协官军，防御兵力超过两万，而叶尔羌汗国倾全国之兵，所得不过七万，虽然叶尔羌看起来是占据了兵力优势，但是攻城并非叶尔羌军队的长处。
同时在火器方面，官军也处于绝对的优势，交河水源充足、朝廷又在此地修建了完善的工事和大量的仓库，储备了大量的粮秣、装备和弹药，同时为了加强守备，官军还在交河修建了坚固的工事，所以参谋军务总署认为，现在交河的防御是稳定的，不必过于担心。
而对于吴兑请求戚金部加快行军的要求，参谋军务总署认为应当予以驳回，因为现在戚金所部刚刚从兰州出发，准备出嘉峪关前往哈密，按照朝廷的计划，抵达哈密之后，大军要稍事休整，准备穿越瀚海，从哈密到交河，其间八百里，还是沙漠戈壁，其中能够为大军提供水源的就是鄯善，所以现在催促官军加快脚程，没有任何意义。
申时行问道：“那现在参谋军务总署如何布置军务？”
这点确实是辅臣们和军机大臣们所关注的问题，作为大明的军令机关，参谋军务总署承担着为皇帝和军机处提供参谋业务，同时向官军各部队直接下达命令的职能，对于此战，参谋军务总署的计划还是非常明确的，以现有兵力，官军是能够守住交河的，所以参谋军务总署认为，在一月之内，交河是没有问题。
李成梁将朱载坖和在场的重臣们奏报了参谋军务总署的方案，首先命令西域总督吴兑驻节轮台，加强从轮台到交河的道路防御，尤其是各个达坂，一定要加强控制，死死守住从交河到轮台的交通线，而叶尔羌汗国从西、南两个方向而来，官军主要防备的是和田方向和托克逊方向。
李如松认为，官军不能困守孤城，坐等叶尔羌进攻，尽管官军遂行的是防御任务，但是由于西域的特殊地理形势，官军应该采取更加主动的战术，首先就是控制各处的交通要道，阻止叶尔羌汗国进攻，还要控制水源，给叶尔羌汗国军队制造困难，在西域作战，水源是极为重要的，只要能够控制水源，就能够给对方造成极大的困扰，这点是大家都很清楚的。
所以李如松的建议就是控制交河附近的水源，给叶尔羌汗国尽可能的制造障碍，迟滞叶尔羌汗国的进攻，最重要的就是托克逊方向的阿拉沟和阿拉沟河，这里不仅仅是重要的水源，阿拉沟河，发源于天山一号冰川，穿越沟内和戈壁滩，最终流入东南面的艾丁湖。河中的鹅卵石清晰可见，流水的力量强大，甚至能将骆驼般大小的巨石冲到沟口烽火台下的戈壁滩上。也是极为重要的交通要道。
阿拉沟有阿拉沟山作为屏障，其北隔阿拉沟与天格尔山相接，东北毗邻吐鲁番盆地，南接焉耆盆地，西侧以乌拉斯台河、哈布奇哈河为界与额尔宾山相望，东与觉洛塔格相邻，是从巴音布鲁克到交河的要道，所以官军必须前出，卡出阿拉沟口，尽可能的迟滞叶尔羌汗国的行动。