朱载坖对于现在官军的编制体系还是有很大的意见的，朱载坖很清楚，现在官军的编制体制，以镇协体制为主，偏重于战略防御，继承的是原本的九边军镇，主要就是为了防备蒙古人而设立的，这点是毋庸置疑的，这种体制最大的弊端就是零散，官军的主力大部分都驻防在延边的各个边堡和边墙之中，而各镇的机兵主要在总兵和游击麾下，所以在这种情况之下，各镇的官军机动力量不足确实是一个很要命的问题。
同时卫所和镇协官军实施两套不同的军制，对于官军来说也存在很大的不便，而且对于朱载坖来说，还发现了一个重要的事情，就是自唐宋以来，军事编制的另一个重要特点是，基本的固定编制规模逐渐缩小，越到后来，千人以上的部队就越是习惯于采用临时组编的办法来编成。
这点确实是如此，唐之府兵制的编制非常规整。各地遍设折冲府，为组织、训练的编制单位，管辖兵员1200—800人，设折冲都尉，副手为两位果毅都尉；府下辖4—6个团，每团兵员200人，设校尉为主官；团下辖2旅，每旅兵员100人，设旅帅为主官；旅下辖2队，每队兵员50人，设队正为主官；队下辖5火，每火兵员10人，设火长。战国以来传统的“伍”被取消。全国的折冲府数目庞大，在唐太宗贞观年间就达到了643个，分别由朝廷的12卫大将军统帅。
而五代两宋时，一般100人为1个“都”，都有“都头”；5都组编为1个“营”辖兵500人，营的长官是“指挥”，营是宋军的基本建制；5营即组编为1个“军”下辖2500人，军有“都指挥使”或“都虞候”，或直接称“军主”；10个军编为1“厢”，下辖人上下，从战斗中的左、右两翼发展而来，厢有“都指挥使”，或直接称“厢主”；左、右两厢编成一个战略方向的总兵力，一般大约为人上下，由皇帝临时派出的大将统帅。
而到了北宋中期，军队规模膨胀，再加上宋军战斗力底下，编制松散，以营为单位的宋军在面对西夏的进攻是极为乏力的，所以到了王安石为政的时候，推行将兵法，自熙宁七年始，在北方各路陆续分设100多将，每将置正、副将各1人，选派有武艺又有战斗经验的军官担任，专门负责本单位军队的训练，凡实行将兵法的地方，州县不得干预军政。将原本以营为基本单位的宋军变成了以将为基本单位的办法。
而到了本朝，也出现类似的情况，卫所制度不适应战争，这点其实是很早就发现了的时候，卫所更加适应的是对于要地的驻守和边疆的屯戍，这点其实也是老朱一开始设立卫所制度的初衷，在大明初年能够快速恢复生产，而营兵制更加适应九边防御体系，也就是所谓的画地专守，而朝廷现在所实施的镇协体制也就是脱胎于此的，现在朱载坖要加强朝廷对于官军的控制，实施更戍制度，就是必须将镇协予以改变，镇协是防区，而不是官军的编制，这点是官军的注意的。
而实施新的编制，需要首先确定一个基本编制，这个编制是官军日后组织训练、调动、作战的基本编制，要具备独立的战斗能力，同时有足够的兵力、军器、装备等，能够实现独立作战，在这个基本作战单位之上，朝廷在各个镇按照实际情况予以配置，组成各个层级的战术、战役兵团，遂行各种认为，才是是官军下一步的改革方向。
这样的话朝廷再调集援军的话，就不再是东拼西凑，而是以这个基本编制的战术单位作为调动的对象，这点是非常之重要的，实现平时、战时的编制一致，现在官军实施的镇协体制，是以镇、协、标、营、队、排、棚为官军的管理体制，朱载坖认为这样的话，官军基本上就被固定在各镇了，即便是朝廷想要调动也不容易，这点确实是非常之头疼的。
之前就有一些官员向朱载坖上疏，认为总兵、提督军权过重并非好事，朱载坖虽然将其留中，但是并非完全不重视，这次为西征大军抽调援兵，朱载坖就从中发现了一些端倪，九边各镇对于朝廷从他们手中抽调援兵，都是有些抗拒的，往往是将本镇的弱兵抽调，同时向朝廷多方陈述，试图减少抽调的援兵。、
这种情况充分说明，所谓镇协体制，已经不再适应官军的的现实情况了，镇协体制的核心是依托边墙进行防御，所以镇协的机动兵力较少，兵力配置比较单一，同时不管是总兵还是副将、参将等各级军官，由于画地自守这一政策的存在，导致他们肯定是专注于自己的防区，对于朝廷征调援兵肯定是很抗拒的。
这并不是最大的问题的，最大的问题是长此以往之后，边镇藩镇化的可能性就会提高，这点是朱载坖必须要防范的，所以朱载坖决定对于官军的编制体制再度进行调整，实际上就是将镇协和部队予以分开，不管是九边各镇，还是各分守参将、协守副将，他们所管理的都是防区，而不是部队，这点要予以明确，而每个防区的官军应该配置多少，则是由军机处予以确定，朝廷可以直接调度所辖各部。
要达到这个目的，朝廷必须将官军予以整编，统一编制，赋予番号，这样才可以实施朝廷对于官军的管理，要设立官军的基本编制和基本战术单位，朝廷日后对于这些官军的调用，就是以这些基本编制或者是基本战术单位为主的，而不是几百、一千等人数了，这样可以保证所调来的官军起码是有战斗力的。这点是非常重要的。