但是阮氏才收留了黎维潭，现在又要将黎维潭交给大明，多少有些说不过去，而且当年拥立黎维潭的先祖，就是阮潢之父阮淦，当年正是阮淦找到了黎维宁，自称是黎昭宗之子，被阮氏和郑氏拥立为皇帝，所以对于黎维潭的底，阮潢其实是很清楚的，但是阮潢很清楚，现在还是有不少后黎朝的忠臣的，要是阮潢将黎维潭交给了大明，那阮氏恐怕会遭到他们的攻击，这点阮潢是很清楚的。
但是要是不把黎维潭交出来，大明官军这里恐怕是不好交代的，刘綎仅仅用了两日就攻破临安府，剿除了郑氏，将郑松俘获押赴南京了，大量的官军正在向贤良江一带运动，给阮氏造成了极大的压力，而且邓子龙在安南南部也在积极的调动兵力，准备北上，占城和暹罗是十分希望大明把他们和安南隔开的，这点他们是极为开心。
阮潢在思索再三之后决定，同意大明的要求，将黎维潭交给大明，阮潢是坐起立行的人，既然已经决定，阮潢立即采取行动，将黎维潭抓了连带亲信和妻儿老小一道送交沐昌祚了，沐昌祚在收到了之后，立马将黎维潭等押解南京朱载坖处。
同时按照朱载坖的上谕，官军进抵贤良江，控制贤良江以北的安南北部地区，将湖南等不适应烟瘴地区的官军趁旱季还未结束撤回本地，只留下岭南官军在此驻守，同时按照朱载坖的命令，除了交趾都指挥使司之外，还要设立交趾镇官军，保证交趾的安定，同时为了加强朝廷对于交趾的控制，交趾都巡检使司也得以成立，统管交趾布政使司辖区内个巡检司，负责地方的安定。
同时官军要选择地势高的驻地，将附近的死水塘都予以清理，严格按照卫生条例执行，做好应对瘴气和疟疾、痢疾等准备，朱载坖命令从国内调运大量的生石灰、硫磺还有各种驱蚊的草药，提前准备，各处安南驻军的营寨和安南的城市务必做好排水设施的修建，留守安南的主要是两广、福建和缅甸等处的官军，他们长期在岭南驻防，还是对于瘴气有一定程度的防范的，朱载坖也严令交趾布政使司的官员们，要做好城市的防疫工作，隆庆二十三年是朝廷稳定交趾的关键一年。
朝廷要是能够在交趾站稳脚跟，下一步就是对阮氏用兵，同时对于邓子龙部，也要通过水师加以支援，运输相应的物资，巩固朝廷在安南南部的统治，同时一样也要派遣官员对这些地方予以治理，糖业公司也开始在红河三角洲播种甘蔗，筹建制糖工场，朱载坖同时命令在交趾布政使司勘察矿产资源。
在交趾布政使司和广西布政使司接壤的靖安州，发现了露天煤矿，品质十分之好，而且和港口很近，既便于开采，也便于运输，靖安州的煤炭的储量丰富且品质多、质量好，拥有大片的无烟煤露天煤矿，对于朝廷来说，不仅仅是可以发展制糖业，同时可以用于在交趾布政使司发展各种矿冶，交趾有丰富的铜矿，对于大明来说也是十分重要的物资。
所以朱载坖命令将靖安州的煤矿进行开发，不仅仅是供应糖业公司，还要作为发展交趾布政使司经济的重要基础来经营，糖业公司向交趾投入巨资，向交趾移民，并且开始种植甘蔗，兴建各种相应的厂房，运输机器，为制糖做相应的准备，而对于安南来说，除了陆地的交通之外，重要的就是港口建设了，官军所抓获的大量俘虏，就是良好的劳动力，要在交趾各州县修建港口，以方便朝廷物资和援兵的调动。
征南的第一阶段告一段落，朱载坖赏赐了有功将士之后，决定对于交趾和安南的兵防体系做一调整，征南大将军、黔国公沐昌祚上缴将印，仍充提督云贵军务事，俞咨皋也回归本镇，仍任提督南洋水师，而刘綎加后军都督府都督同知，提督安南、交趾水陆军务事，佩征南将军印，邓子龙升任提督中南水陆军务事，佩镇南将军印，一南一北，负责安南的军务。
至于沐昌祚等押解来到的郑松、黎维潭等人，押送京师，等朱载坖回銮之后挑个好日子给他们放放血，祭祀成祖、仁宗、宣宗三位皇帝，除此之外，朱载坖还下达了一个特别的诏令，就是将安南伪黎朝的所有伪皇帝陵寝予以捣毁，将所有的碑刻等有文字记录的都予以毁去，同时将黎利等人开棺戮尸，首级送宣宗皇帝景陵祭祀。
在处理完这些事情之后，朱载坖于隆庆二十三年三月回銮京师，主要是现在京师有很多事情需要朱载坖的毁去处理，回到京师之后，朱载坖首先是召见了首辅张居正，张居正已经多次向朱载坖提出请辞了，朱载坖一直没有准允，现在张居正确实病重，朱载坖召见的时候，形容枯槁，两鬓苍苍，朱载坖说道：“张先生何以如此啊！”
张居正对朱载坖说道：“陛下，臣自去年，肝火旺盛、肠胃出血，痔疮甚矣，虽经调治，不能痊愈，伏祈陛下赐臣致仕，使臣得生归故里也！”
朱载坖同意了张居正的致仕申请，加张居正特进光禄大夫、左柱国、少师兼太子太师、顾问咨询大臣、赐麒麟服，驰驿，遣锦衣亲军护送回乡，同时令翰林医官院派遣医生随侍，之前朱载坖也询问过翰林医官院，张居正确实是身染重疾，而且张居正此人性格倔强，很多时候不愿听从医生建议，导致病势加重。
在张居正去位之后，张四维接任首辅，申时行进位次辅，分别加建极殿大学士和武英殿大学士，张四维和申时行都是比较小心谨慎的，基本上都是按照朱载坖的意思处理政务，内阁现在还是能够保持安定，朱载坖命令将之前积压的一些要务都予以处理了。