普特斯曼带着十几个船员，驾着一艘小船，回到了巴达维亚。
昆总督听完普特斯曼讲述完战役经过和谈判条件，十分震怒，怒吼着说道:
\"我以主的名义起誓，我要给傲慢的明帝国皇帝一个血的教训！\"
普特斯曼劝说道:\"明帝国皇帝收服了尼古拉.一官，尼古拉.一官在攻打热兰遮城的战役中是最不要命的。
尼古拉.一官有一千多条战船，六万人士兵，十万雇员，明朝广东、福建、浙江、山东的水师加起来有七八万人。
与明帝国发生全面战争的话，未必能占到便宜，还将彻底失去明帝国的货物，这样的损失是无法承受的。我建议与明帝国展开谈判。\"
傲慢和愤怒使昆总督昏了头。
\"不行，赔偿数额太大，董事会不可能同意。＂
普特斯曼:\"我与尼古拉.一官，以及熊文灿，都有深厚的私人友谊，我可以和他们谈，将赔款数额削减到三百万两白银。\"
昆依然不同意，叫嚣道:\"在战场上拿不到的东西，在谈判桌上也不可能拿到，必须给明帝国皇帝一个教训，然后再和他谈。\"
普特斯曼见劝说无效，问道:\"你将选择哪里作为进攻点？\"
昆答道:\"厦门。\"
普特斯曼答道:\"路途太遥远，中途没有停靠点，补给供应不上。\"
昆说道:\"那就广州。\"
普特斯曼答道:\"攻击广州湾，葡萄牙人和英国人必定卷入，这样很不划算。
明帝国是我们的生意伙伴，并不是我们的敌人，他们的丝绸、棉布、茶叶、瓷器在全世界都是抢手货，我们是来贸易的，不是来发动战争的。\"
昆这才恢复了理智，默许普特斯曼谈判。
普特斯曼又返回厦门，去找郑芝龙。
东蕃岛海战，明军共缴获西班牙战舰十四艘，武装商船七十二艘，商船一百一十九艘，这些是损毁不太严重的，稍加修整就可以投入使用，剩下的船只，不是被击沉，就是被焚毁，或者被损伤严重没什么整修价值。
郑芝龙有自己的造船厂和修理厂，朱由检把缴获的战舰、战船、商船交给郑芝龙修整。
郑芝龙向朱由检建议：＂俘获的西班牙人和荷兰人比这些船更值钱，他们有的懂远洋航行，有的懂造船，有的懂造炮，皇上应该将他们全部扣留下来。＂
朱由检欣然同意。
普特斯曼找到了郑芝龙，对他说道：＂昆总督同意展开谈判，你带我去见你们的皇帝。＂
郑芝龙答：＂你以为皇帝是你们家的邻居，想什么时候见就什么时候见吗？＂
普特斯曼：＂皇帝提出的要价太高，无法接受。＂
郑芝龙答：＂我提醒你注意，1000万两白银只是谈判的先决条件。＂
普特斯曼：“什么叫先决条件？＂
郑芝龙答：＂意思是说，1000万两白银是进入谈判会场的入场券。＂
普特斯曼一直理解错了，以为支付1000万两白银的赔偿款就什么事都过去了，可以赎回被俘虏的船只和人员，甚至可以获得自由贸易的机会。
现在才明白，1000万两白银只是换来了一个谈判的机会。
他愤怒地说道：＂这是不可能的！”
郑芝龙两手一摊，＂那我就无能为力了。＂
普特斯曼又软了下来，＂一官，可不可以让我见你们的皇帝？＂
郑芝龙：＂可以，但你得等。＂
普特斯曼：＂为什么？“
郑芝龙：＂因为在整个福建，随时随地都可以见到皇帝的只有孙传庭，我必须先见到熊文灿，向熊文灿转达你要见皇帝的意愿，然后由孙传庭向皇帝报告，皇帝如果决定见你，就会一级一级将命令传下来。＂
普特斯曼头皮都是麻的，＂你们的皇帝真麻烦！＂
郑芝龙正色警告他：“说这样的话，是要掉脑袋的。你如果不想见皇帝，那你回去好了。你如果想见皇帝，就老实点。“
普特斯曼连连点头，＂见！见！＂
郑芝龙第二天就见到朱由检。
朱由检问道：＂你觉得和荷兰人能谈成吗？“
郑芝龙：＂那要看皇上想达到什么目的。＂
朱由检：＂第一，1000万的赔偿款，一个子也不能少；第二，保证不再侵犯大明国土和海域。＂
郑芝龙：＂普特斯曼一定会要求保持贸易关系的。＂
朱由检：＂这个可以谈。但是荷兰人来华贸易，必须遵守大明的法律，严禁携带武器，必须照章纳税。＂
郑芝龙闻言十分诧异，这是朝廷首次表示允许西洋人来华贸易。
他有些不相信自己的耳朵，小心翼翼问道：＂皇上是说允许贸易吗？＂
＂是。＂
郑芝龙两眼冒出精光，＂这种贸易以何种方式展开？＂
朱由检：＂初步设想是划几块贸易区。比如，登州划一片地方出来，厦门划一片地方出来，广州划一片地方出来，我大明的商人可以在这三个地方与外国商人贸易，买进外国货也可以，卖出国内货也可以。
凡进入贸易区内的货物，征收2\/100的实物，凡运出贸易区内的货物，征收3／100的实物。
所有进入贸易区的商人，必须持有朝廷颁发的牌照。凡是在这三个贸易区进行的远洋贸易，均属合法贸易；除此之外均属非法，坚决取缔。＂
郑芝龙听到这里，呼吸都快停住了，声音颤抖地问道：＂朝廷…朝廷…这是要取消海禁吗？＂
朱由检点点头，又摇摇头，＂一步一步来，还没有到一股脑取消海禁的地步。＂
郑芝龙心中一阵狂喜。
他是大明海外贸易的第一人，朝廷肯设贸易区，他郑芝龙就是最大的受益者！
郑芝龙几乎是飘着走出总督衙门的。
他一进门，普特斯曼就找上门来了，急不可耐地问道：＂一官，见到熊文灿了吗？＂
郑芝龙：＂我已经见过皇帝了！＂
普特斯曼：＂你们的皇帝怎么说？＂
郑芝龙嘿嘿嘿傻笑不止。
普特斯曼一头雾水，＂一官，你笑什么？＂
郑芝龙把朝廷将要设贸易区的事说了一遍，普特斯曼也很高兴，问：＂我什么时候可以见皇帝陛下？＂
郑芝龙：“你不必见了，皇上说了1000万两白银，一个子也不许少，这是对你们的惩罚。＂
普特斯曼：＂1000万两太多，昆总督不会答应的，董事会也不会答应的。＂
郑芝龙恼了，＂不答应别答应，有种你们派军舰过来打。你们轰沉了我们上百条船，上万人，赔1000万很多吗？＂
普特斯曼坚持要见朱由检。
郑芝龙不耐烦地说道：＂蛮夷就是蛮夷，一点规矩也不懂。皇上说话那就是金口玉言，是可以讨价还价的吗？＂
普特斯曼灰溜溜地回到巴达维亚。
东印度公司董事会因为热兰遮城战败，追究巴达维亚总督昆的责任，罢免了昆的总督之职，旋即任命了新的巴达维亚总督伊诺。
伊诺原为墨西哥总督，以血腥镇压印第安人着称。
伊诺极端好战，大骂昆和普特斯曼，说他们是十足的懦夫，叫嚣对明朝宣战。
没有了昆，普特斯曼在巴达维亚没有任何话语权，索性辞职回到了阿姆斯特丹。
朱由检对这一情况一无所知。