圣旨以六百里加紧方式发出。由于太平军阻断京师至西安的驿道，驿使仍从山西汾州向西，在吴堡渡口渡过黄河，到达绥德，沿着明朝时修建的榆林到西安的驿道前往西安。耀州以南虽仍有叛军余孽作乱，但是驿使一身百姓装束，又刻意避开叛军作乱地区，总算在八月九日这天把圣旨送到了西安。
额尔齐木毕里克接手兵权以后，并未让逃窜的叛军得到太多的喘息机会，七月二十五日，即令宋景诗率领马步一万五千人，攻击西安东北部的沙河叛军。陈朝旺率禹得水等部二万余人攻击咸阳、泾阳、高陵一带的杨文兴、毕栋梁部。
沙河叛军撤退以后，马德超、马和政、孙义宝率领两万残匪逃回沙河堡。沙河堡在坝水东岸入渭处，沙河一带红脖子会会众村落密集，是西安四乡会众人口分布最多的地区之一。沙河西隔渭河与咸阳渭城湾会众相望，北邻高陵，东连临潼，与渭北叛军联系紧密。
回到沙河堡后，马德超紧急招募附近六十四坊会众丁壮入伍，并打造兵器，购置马匹，短短的数日内，沙河叛军便增至四万余人。马德超将叛军分别安置在沙河堡、三府里和马乌什三个最大的堡寨，分别由马合宇和孙义宝率领，深沟壁垒，以为犄角之势。
七月二十六日，宋景诗率部渡过坝水，逼近最靠南的三府里。叛军在三府里周围起连营六座，并由白鸭咀至坝水掘壕20余里，沿壕以内垒卡密排，由孙义宝率领。
宋景诗扎好营寨以后，当即进攻三府里，孙义宝率万余叛军迎战，不敌后欲撤入寨中，却被宋景诗派马队截断了后路，孙义宝乞降，三府里被攻陷。宋景诗当即回兵，于白鸭嘴设下埋伏，又将马乌什的五千叛军全歼。次日，宋景诗留下长安团练总目梅锦堂率部驻守三府里，率领大部转攻马乌什。
马乌什堡在三堡中最大，堡内叛军还有一万五千之数，由马德超亲自率领。马德超据堡不出，拼死顽抗，宋部苦战多时，伤亡近千人。无奈之下，宋景诗令孙义宝部在前，填塞壕沟，拔其篱栅。在天黑之前，方才攻入南堡。
二十八日，马德超派出堡内两千游骑，欲骚扰宋部后路，截断粮道，却又被宋景诗派出的满蒙马军全歼。歼灭叛军游骑以后，宋景诗集中全军火炮，猛攻北堡。在炮火的猛烈攻击下，北堡寨墙倒塌，守堡的叛军伤亡惨重。不敌之下，马德超率领六千残匪夺路西逃，却被宋部马军一路追杀，尸横遍野，逃至沙河堡时，只余下两千不到。
宋景诗部两日下两堡，连战连捷，夺得了大批财物、美女。虽然伤亡不小，不过厚赏之下，八旗、绿营和团练士气大盛，踊跃请战。二十九日，宋部又包围了紧邻坝水的沙河堡，叛军拼死抵抗，鏖战多时，岿然不动。但在宋部的拼死攻击下，终因兵器太过落后，力单不敌，退至坝水边，“老弱妇女千余车，阻河未及渡，兵勇追及，皆投河而死，免者无几，积尸河中，坝水为之不流。”
宋部烧毁沙河村后，又相继攻下半阁村、光大庙等处，马德超被击毙，沙河一路叛军，除马和政率领千余叛军逃至渭城以外，其余全部被歼，西安东郊会乱肃清。
西安府城西路，以咸阳会众最为稠密，礼泉、兴平、户县、周至也有会众村寨。咸阳县会众村寨分布，咸阳之马家堡、蒲马家、白起莹、新冯村、苏家沟，皆为会众所居。是一个较大的会徒聚居分布区，主要分布在县北原一带，咸阳城内会众居住在东边的东西道巷内。
杨文兴、毕栋梁率领的咸阳、泾阳、高陵一路的叛军，主要集中在渭城和苏家沟一带。渭城即秦咸阳旧址，在泾水入渭的三角区域，有十里渭城之称。叛军起事时于此筑城，设渭城府。渭城西起司家沟，东至新冯村，包括二十多个堡寨。得到官军来剿的消息后，正在围困咸阳的叛军，当即撤围遁入咸阳苏家沟、渭城等处的堡寨据守。
陈朝旺兵入咸阳后，以通匪的名义，查抄了咸阳茶商木家等会商的所有家产，将查抄来的钱财小部奖赏各部将士，其余的全部送往西安。然后沿渭水而下，采取步步为营，“更番层递移进”的滚营法战术，由西向东，一路攻堡破寨。
二十七日，陈得旺和参将王锡爵各领万人，又以巴特尔率马队接应，分左右两路进剿，和杨文兴、毕栋梁战于渭城湾前。萧萧的秋风中，人马踏起的黄沙遮蔽了天日，弥漫的硝烟掩盖了大地。
两军以步对步，以骑对骑，陈朝旺令全军火器集中使用，以火炮攻击于前，将叛军的构成的车阵打的稀烂。陈部先以火药包开路，火枪紧随于后，向车阵里的叛军发动了一波又一波的进攻，将车阵里的叛军打的大败，杨、毕叛军不支，向渭城湾、苏家沟撤退。
渭城乃是叛军起事之初，强迫四方各县汉民于秦都故地构筑而成。由于还未完全完工，城墙矮小，未围砖石，不过是一个简单的土城罢了。由于城墙工事简陋，毕栋梁唯有在城墙上布置大量的兵力，用来守城。
官军枪炮齐施，将城头上的叛军打得伤亡惨重，抬不起头。陈得旺令禹得水率部攻城，城上残余的叛军拼死阻挡，禹部攻扑多时，猝未能下。后陈得旺趁禹部攻城之际，令兵士在城墙下挖洞，埋设火药，炸塌了城墙，官军一齐拥入，打开堡门，与城内的叛军展开了巷战，叛军逐巷逐舍抵抗，奋死反击，不过在官军火药包的打击下，死伤惨重。
毕栋梁见抵抗无果，率部突围，突围中毕栋梁死于非命，冲出围剿的不过千人。城中投降的叛军、丁壮万余人，悉数被发配到西安和商州的矿场沦为矿奴。城中大量掳掠而来的金银财宝也被陈得旺部缴获。
攻克渭城以后，陈得旺部继续东进，攻克穆家寨、新冯村，直抵苏家沟。苏家沟是渭城东面的屏障，“堞高湟深，外布蒺藜木栅，围以荆刺”，防守极严，官军用喷筒火弹和劈山炮不断轰击，叛军死亡四、五千人，苏家沟陷落，杨文兴率领三千残匪逃回泾阳永乐店和塔底村。
八月初，泾水以西的高阳庄、穆家寨、南北舍村、萧城、钮家堡、韦家沟等处也逐一光复。至此，西安府泾水以西的地区全部平定。由于陈玉成的插手平叛，同、西两府起事叛军迅速败亡。
并且官军从西向东进行围剿，隔断了同、西两府叛军与凤翔、乾州、邠州的联系。一直处于观望的凤翔、乾州、邠州会众们并未向历史上那样纷纷起事，使西安与西部的联系并未长期隔断。西部各府的粮油盐等物资沿着渭水，源源不断地运入西安，所以也未造成省城人口的大量死亡。
不过，对于凤翔府28坊的十余万会众陈玉成并未忽视，他以陕西巡抚的名义传文凤翔府知府张兆栋，令他严密监视凤翔府城南关崔家岙崔成义的动静，同时严令凤翔府的团练加强训练和防范，时刻戒备凤翔府内的会众起事。同样的文书也发送至乾州和邠州。