远东国际军事法庭在东京的审判还忽略了对日本战犯某些战争罪和反人类罪的审判，比如，没有任何对于强迫劳动、性奴役、生物学实验和使用化学武器的行为进行起诉。
这一方面是由于盟军为了迅速结束远东国际军事法庭在东京的审判，从而导致了远东国际军事法庭在东京的审判中并不全面的刑事调查，另一方面则归咎于美丽国获取了日本军队关于化学武器研究的信息并据为己有的目的。
虽然，在一九五六年的时候，华夏特别军事法庭在沈阳和太原的审判确实起诉了发生在华夏的强迫劳工的犯罪行为，然而，光是在一九四三年到一九四五年间，就有至少约四万华夏人被强行带往日本为一百三十五个建筑及采矿公司工作。
这些被强行带往日本的华夏劳工中大约有七千名华夏劳工由于残酷的待遇而死亡，但是，这一事实却并不在华夏特别军事法庭的起诉范围内，华夏特别军事法庭本来是可以起诉那些帮助将被强迫的华夏劳工送往日本的战犯，结果，华夏特别军事法庭的这一个疏忽也成为了之后多年以来被强迫的华夏劳工受害者们所关注的焦点。
在华夏特别军事法庭的两个案件中，公诉人起诉了三名日本战犯被告人制造生物武器和生物学实验的罪行，还有一个案件涉及两名被告人使用化学武器的罪行，华夏特别军事法庭的起诉书中认定日军使用催泪瓦斯或者是毒气的行为造成了数以百计的华夏平民的伤害和死亡。
但是，华夏特别军事法庭上的这一项指控，并不能充分反映日本战犯的犯罪严重性，要知道，在华夏和日本的战争期间，日本军队使用防爆剂、光气、氰化氢、糜烂性毒气和芥子气广泛的攻击了华夏各处的目标。
据估计，发生在华夏和日本的战争期间的两千次化学武器的袭击，导致了华夏成千上万的死亡和无法统计的人员受伤，并且，自从华夏和日本的战争结束之后，一些被日军遗弃的化学武器在华夏被偶然的发现，也造成了很多的疾病和伤亡。
另外，直到二十世纪七十年代的一本以韩国慰安妇为主题的书问世，世界才意识到二战期间发生的性奴役罪行，也就是所谓的“慰安妇”问题。
因此，在一九五六年的华夏特别军事法庭并未起诉有关华夏慰安妇的罪行，但是，日军在华夏二十一个城市中建立了成千上万的“慰安所”，总计超过有二十万名华夏妇女被迫向日本军队卖淫。
这样的事实，连同在这段不堪往事中被伤害的人们和家庭却被轻易的忘却和忽略了，如果这些犯罪行为当时能被调查起诉的话，一九五六年在华夏特别军事法庭上的审判本来可以有助于对这些罪行的认定，并为国际和国内刑事司法发展做出更多贡献。
而关于赔偿的问题，则是华夏特别军事法庭没有处理的另一个问题，根据《波茨坦公告》中的内容，日本政府应该向受害者国家支付赔款，在严重侵犯国际人道法的案件中，受害者有权要求日本政府进行补救和赔偿，并且，这一原则已经被联合国所采纳。
华夏政府曾在二十世纪五十年代的早期表明了立场，保留要求日本政府赔偿的权利，因为，在华夏和日本的这场战争中，华夏遭受到了最多的损失，其中包括一千万人的死亡，以及在日本军队的入侵中遭受到的超过五百亿美元的经济损失。
然而，在一九五六年的时候，华夏政府改变了立场，华夏特别军事法庭沈阳特别军事法庭副审判长袁光和廖承志汇报时曾经提出，鉴于德意志国已经为之前的入侵战争做出了巨大赔偿，苏联也在华夏的东北地区没收了日本的资产和财物，因为，华夏特别军事法庭也应该有权利要求日本政府向华夏的受害者进行赔偿。
华夏政府对赔偿问题的回应，是华夏放弃对日本的索赔是更好的处理方式，因为在华夏政府看来，如果要求日本政府进行战争赔偿的话，那赔偿的负担最终是落在了日本人民身上，而不是日本政府的身上。
如同在对日本战犯的量刑政策上一样，放弃赔偿是华夏对日本的宽宏大量的政策的一部分，为了两国的友谊，华夏政府采取的政策是以德报怨。
但遗憾的是，这样的决定让华夏的受害者们所享有的要求日本政府赔偿的权利被忽视了，赔偿这一权利不仅仅是通过货币价值来进行衡量，同时，赔偿权利也是恢复性司法中极其显要的部分并且对和解进程有着重要作用。
二战后成立的纽伦堡与东京国际军事法庭开启了国际刑法的实践，在国际法上具有开创性的意义，其中，远东国际军事法庭在东京的审判更是在开启国际刑法的实践、确立国际法上追究个人刑事责任的原则以及官方身份不免责等方面对国际法的发展做出了重要贡献。
审判的错误也不容忽视，尽管舆论和盟国中有很多惩罚日本裕仁天皇的要求，但是随着战争的发展，特别是随着美丽国军队占领日本本土，审判日本裕仁天皇的要求也引起了盟国对日本民众反抗的担忧，成为了日本政府日益加重的砝码。
如果远东国际军事法庭要对日本裕仁天皇加以审判的话，那盟军对日本本土的占领计划就必须作大的改变，因为，远东国际军事法庭如果起诉日本裕仁天皇，那必定会在日本国民之间引起非常大的骚乱，造成的影响怎么高估都不会过分。
要知道，日本裕仁天皇是日本国民统合的象征，远东国际军事法庭起诉审判日本裕仁天皇，那日本这个国家也就彻底瓦解了。
对日本裕仁天皇免于起诉，是美丽国的独断决定，盟军驻日最高指挥官麦克阿瑟上将的决定是根据两个方面来考虑的，主要还是为了避免加剧日本民众的反抗和稳定盟军在日本的占领。