第三条是指控日本战犯的证据之间必须一致，第四条是指控日本战犯犯罪的因果关系必须清楚，第五条是指控日本战犯有关侦察工作的一切法律文书和法律手段必须齐全，具有法律效力。
这些条件也被做为起诉日本战犯罪犯的指导方针，于是，华夏的侦讯检察人员反复核对审查依据上述条件所指控起诉的材料，目的就是保证针对被告的每项证据都确凿充分。
同时，华夏特别军事法庭指控日本战犯的每一项犯罪事实，都必须要有五个方面的证据共同佐证，第一个是审讯笔录，第二个是日本战犯的罪行交代材料，第三个是经过确认的证人材料，第四个是档案材料，例如日伪的档案文件，第五个是同案犯的检举揭发。
华夏特别军事法庭对于核准定案的案件，会将所有的侦查案卷交给受审对象阅览，逐一逐件的进行辨认，然后一一签，因此，华夏特别军事法庭为庭审准备的证据非常的充分。
华夏特别军事法庭在沈阳的特别军事法庭，就一共掌握了两万八千多件控诉书、鉴定书和八千多份与本案有关的日伪档案。
华夏特别军事法庭审还查了大量的物证和书证，听取了控诉人的陈述和证人的证言，以保证提供的证明材料足以使指控排除合理怀疑。
在铃木启久等人的案件中，华夏特别军事法庭审查了九百二十名控诉人，其中包括了受害人及其亲属，提出的控诉书三百三十八件，被告人部下及同僚提出的检举书十九件，八百一十四名证人的证词一百一十二件，还有被告人在侦查过程中的口供、笔供以及其他证据材料，并且听取了传唤到庭的十九名证人的证言和被告人自己的供述。
在武部六藏等人的案件中，华夏特别军事法庭审查了控诉人九百四十九人，提出的控诉书六百四十二件，被告人的原部下及同僚七十四人提出的检举书四十七件，一千二百一十一名证人的证词三百六十件，与本案有关的日伪档案书刊三百一十五件，还有被告人在侦查过程中的口供、笔供，以及其他证据材料，并且听取了传唤到庭的四十七名证人的证言和被告人自己的供述。
在城野宏等人的案件中，华夏特别军事法庭审查了六百八十一名控诉人提出的控诉书三百一十六件，被告人的原部下及同僚一百一十九人提出的证词一百五十三件，一百四十三名证人的证词八十三件，本案有关的档案文件五十件和其他证据材料三百四十九件，并且听取了十二名被害人的当庭控诉，二十三名证人的当庭证言。
在富永顺太郎等人的案件中，华夏特别军事法庭审查了二十四名证人的证词，与本案有关的日伪档案文件和证物一百零二件，并且听取了传唤到庭的六名证人的证言。
提交给华夏特别军事法庭的证据中，包括了控诉人的控诉书、证人证词、被告人原部下和同僚的证词、档案文件、被告供述以及控告人和证人的当庭陈述，在如此充分的证据的支撑下，所有被指控的日本战犯全都承认了被指控的罪行。
就程序规则而言，一九五六年《关于处理在押日本侵略华夏战争中战争犯罪分子的决定》的规定比较的简单。
除了两项关于被告人权利的条文外，《关于处理在押日本侵略华夏战争中战争犯罪分子的决定》还规定了华夏人民政府特别军事法庭的判决是终审判决，所以，华夏人民政府特别军事法庭的判决是不能上诉的，这与纽伦堡国际军事法庭以及远东国际军事法庭的实践是相符的。
《关于处理在押日本侵略华夏战争中战争犯罪分子的决定》还规定被判刑的日本战犯在服刑期间如果表现良好，依据《关于处理在押日本侵略华夏战争中战争犯罪分子的决定》的第六条规定，也是可以提前释放。
同时，根据相关法律规定，华夏人民政府特别军事法庭确定了审判公开的原则，被告人有权获得辩护的原则，以及公民有权使用本民族语言文字进行诉讼的原则，审判合议制度等刑事诉讼基本原则和制度。
由于华夏的刑事诉讼程序规则与大陆法系相近，所以，华夏特别军事法庭的审判程序大致为，首先是公诉人宣读起诉书，接下来是法庭调查，主审法官就每个被指控的犯罪事实讯问被告人，询问证人，得审判长允许，公诉人和辩护律师可以对被告以及证人发问。
之后，进入法庭辩论环节，公诉人和辩护律师发表各自关于案件的意见并提供证据，双方可以相互辩论，在辩论结束后，休庭评议前，法庭允许被告人做最终陈述，最后，由法庭公开宣告判决。
并且，华夏特别军事法庭也充分尊重了被告人在诉讼中的权利，保证了被告人有知晓指控的权利、辩护的权利和公开审判的权利。
被告有权了解他所受的指控，这也是国际人权法规定的被告人的基本权利，考虑到被告人是日本人，所以，《关于处理在押日本侵略华夏战争中战争犯罪分子的决定》规定特别军事法庭使用的语言和文件，应该翻译成被告所了解的语言文字。
在华夏特别军事法庭审判开始前的一周时间，起诉书的复件以及译本被送达给各个被告人，这也是符合国际实践规则的行为。
而且，华夏特别军事法庭从众多法学院以及司法部门挑选和任命了三十二人担任被告人的辩护律师，华夏特别军事法庭也在开庭前的几天，依照法定程序，召集辩护律师同被告人见面并讨论案情，当审判开始时，法庭也明确告知被告人有权进行自行辩护或者请律师进行辩护，并有权进行最后的陈述。
同时，被告人的辩护律师也是认真履行职责，保障被告人有权获得公正的审判。