崇祯皇帝本来还想让周延儒再当一段时间的内阁首辅，好使他能够从容地选择继任者，从而保持朝政的稳定，避免因时间仓促而引发不可收拾的局面。
可兵科给事中郝、御史蒋拱宸的两封新弹章呈奏上来后，崇祯皇帝就再也坐不住了……
其实，吴昌时与董廷献贪腐卖官诸事，崇祯皇帝都还能够忍受，毕竟这些琐碎小事暂时还不足以威胁到他对大明的统治，无非是癣疥之疾罢了。
但吴昌时与董廷献暗通内廷之事，却叫他无法容忍，尤其是已经被公诸于众的情况之下！
如果这个时候，崇祯皇帝还继续装糊涂的话，那就等同于公开纵容外官暗通内廷，这个后果也是崇祯皇帝所不能承受的。
六月二十三日，圣旨从宫里传出——着锦衣卫的指挥使、都督佥事骆养性，立刻将吏部文选司郎中吴昌时逮拿，下镇抚司狱；周延儒的门客董廷献逮拿，下镇抚司狱。
随着吴昌时、董廷献这两员得力干将被逮拿下狱，朝堂上的胜负已成定论，再无人出言为首辅周延儒辩护，而周延儒的值房也已无人问津，就连次辅陈演也对之望而却步。
此时，在京中已经出现了针对周延儒的诽谤，城墙街巷里贴出一些匿名的传单，上面写有“终日召，召出一个大曹操；终日对，对出一个大秦桧”的对联，似乎预示着周延儒今后的悲惨下场。
其实，周延儒的心里也已是真的着了慌，他甚至想将自己关在家中，闭门谢客，不再与任何人相见，可若真是那样反倒显得他做贼心虚。
所以，他这才硬顶着头皮早早来到内阁值房，免得有些人见不到他，反而会更为猖狂地攻讦弹劾，说不定连自己家里几天倒一次马桶都给抖落出来了。
“不该来的盼不来，而该来的总也躲不掉！”
被镇抚司逮拿才一日不到，宫里面便有消息传出，言崇祯皇帝已亲临中左门当面审问了吏部文选司郎中吴昌时和董廷献二人，更命其当场同御史蒋拱宸对过了口供……
至于，崇祯皇帝亲自审问吴昌时、董廷献的具体情形经过，外人自然无从知晓，而知情人也不敢稍有透漏，但这并不能阻止外间的猜测之声。
毕竟，这一场关乎当朝内阁首辅命运的御前审讯，除了牵连到朝廷未来格局，更牵扯着众多人未来的命运，怎会不成为京城人们关心所在呢？
虽然不清楚具体过程和情节，但大家可以从结局往上倒推呀！
就在崇祯皇帝御审吴昌时二人的当天傍晚，外界便已得知吴昌时和董廷献遭受了严厉的酷刑折磨，且在当天夜里他们二人就死在了镇抚司狱中。
可当人们纷纷猜测周延儒在劫难逃之际，崇祯皇帝却忽然大发慈悲，他一改往日刻薄寡恩的做派，并没有过于深究周延儒的问题……
六月二十五日，大明内阁首辅周延儒上书请辞中极殿大学士衔及内阁首辅之职，未获圣准。
六月二十六日，周延儒又再次上书请辞少师职衔，得到了崇祯皇帝的允准。
六月二十六日当晚，崇祯皇帝下旨令内阁并六部、都察院、大理寺等对周延儒“怀私植党，误国覆邦”等罪状，从公察议。
都察院左都御史李邦华对周延儒二次复出后的政绩予以肯定，他虽然指责周延儒不能“永矢精白”，按罪定议，罪应下失误封疆一等。
但李邦华也坚持皇上有“曾居首辅，宽其拿解”的明旨，因此他希望能对周延儒从宽处理。
而大理寺卿凌义渠则毫不顾及周延儒复出后的政绩，他大肆揭露其为政为人奸邪品格，认为大明律虽有“议贵”之条，然也不能成为宽恕周延儒的托词。
不过，刑部尚书张忻则倾向于都御史李邦华的意见，最终三法司的结论是拟将内阁首辅周延儒判定终身充军。
不过，三法司的结论通过内阁报到宫里的时候，却又被崇祯皇帝自己给推翻了……
崇祯皇帝感念周延儒二次复出内阁首辅以来，殚精竭虑，操劳国事，未有大错，今虽有种种不妥，然多为其下属所为，其多不知情。
因此，在周延儒上书言说自己正席蒿待罪，自请戍边时，崇祯皇帝却下了一道语气极其温和的圣旨，说周延儒“佐政多年，朕不能尽其谋猷，皆朕之过也”，委过自身而为其开脱。
最终，周延儒于六月二十九日，以一种十分体面的方式致仕回乡了。
…………
周延儒虽然被罢官致仕，可内阁首辅乃百官之长，不可久空。
然时间紧急，崇祯皇帝也没有更为合适的人选，不得已之下也只能下旨“着次辅陈演，暂代首辅之责”。
内阁首辅虽然换了人，可中原的流寇还在，开封之危并没有完全解除，这督师剿贼的人选仍旧是当务之急。
原本，周延儒在致仕之前，曾经向崇祯皇帝建言除了侯恂之外，也可考虑以永宁伯张诚出任中原剿贼督师一职。
对此他的解释是，永宁伯以一己之力，就抵住了李贼数十万人马，使贼不得寸进，足见其能，而侯恂虽有恩于左良玉，可左良玉新败之下，仓促间未必能成势，因此不如以永宁伯为剿贼总督，暂时稳住中原局势，待孙传庭陕兵成军，左良玉也恢复元气，再派出德高望重的知兵忠臣居中运筹，四方合围，或可将李贼歼灭于河南境内。
崇祯皇帝一时间也觉得周延儒说得有些许道理，可朝廷已百多年没有武臣出任总督之事发生，他觉得事关重大，竟未敢做出决断来。
而今，虽然周延儒致仕回乡，但开封城下的李贼大军还在，这剿贼督师的人选问题也到了不能再拖下去的时候啦。
七月初二日，崇祯皇帝传召户部尚书兼武英殿大学士陈演、礼部尚书兼东阁大学士吴甡、詹事兼掌翰林院黄景昉、工部尚书兼东阁大学士蒋德璟等内阁成员，以及吏部尚书郑三俊、左副都御史方岳贡等官前来乾清宫召对议事。