南京的城墙布局是一个不规则的形状，但却将周围的所有山地、湖泊、河流全部都利用了起来，因此用固若金汤来形容，一点也不为过。但所有城墙加起来长达十几公里，如果没有十万以的人马，根本不可能守住。而现在的南京城中守军，还不足两万人，因此根本不可能守住整个南京，达到拒敌于城外的目地。
在朝见朱由崧之后，商毅也立刻开始布置，首先是黄得功的败军还有三万余众，这也是一支不小的兵力。黄得功的人马是江北四镇中比较有战斗力的一支军队，而且黄得功虽然平日里也十分飞扬拔扈，但对明朝还是十分忠心，在另一时空里，他是江北四镇中唯一一个坚持与清军作战战死的。因此他的余部人马也要尽量保住。
不过虽然商毅并不打算采用御敌于国门之外的战术，但在清军的主力人马还有到的时侯，主动出击，先打一二个胜仗，挫动一下清军的锐气。鼓动一下南京的士气，稳定军心民心，由其是现在，整个南京都己是人心惶惶的时候，还是非常有必要的。
根据黄得功派回来的使臣介绍，现在黄得功的人马驻扎在南京城西南，不足十里的张家湾和朱家营两地。因此商毅也命令使者回复黄得功，让他带领人马在张家湾和朱家营两地就地驻守，抵挡清军的进攻，同时又命李定国带领第九师出击，暂时在黄得功的背后埋伏。如果清军直的进攻黄得功部人马，那么就立刻出击，给清军一个迎头痛击，先打清军一个措手不及。
李定国领命率军出击之后，商毅又命令全军在聚宝门扎营，等商毅布置好了之后，玄皇教的教主夫妻也赶来见商毅。这时商毅正在等着他们，因此立刻命人把他们请了进来。
众人见面之后，商毅也不客气，道：“现在的局势，不用我说教主也应知道，我不管过去大家有什么恩怨，教主有什么野心，但现在想要守住南京，我们就必须精诚合作，齐心协力才行。如果教主能够做到这一点，我们就接着往下谈，如果做不到，那么大家就拍屁股走人，各安天命。教主继然以建文帝的后裔自居，想必也不会希望大明江山全部落到清虏手里。”
前面的话到还没什么，但最后一句却如石破天惊，玄皇教主和明石姬都不由一震，玄皇教主道：“这个秘密你是怎么知道付？”
商毅淡淡道：“现在不是说这个的时候，教主只说，这次合作，能否齐心协力。”
玄皇教主深深的吸了一口气，点了点头，道：“好，我可以答应你，这一次一定齐心协力，同抗清军，你说要我们怎么做。”
商毅也点了点头，然拿出从工部拿来的南京城地图，铺在桌子，道：“很好，那么首先告诉我，你们现在有多少人手可以调用？”
因为玄皇教主早听明石姬说过了商毅的守卫南京计划，因此也没有感觉到意外，道：“我们教中的弟子现在大部份都集中在南京，大约有五百人左右，在军队中还有五千人左右，基本受我们控制，这是我们在南京的全部力量了。”顿了一顿，他又道：“不过有一点我要先告诉你，为了以防万一，我会调一部份人先离开南京，保留退路，但人数不会很多，大约在五十人左右，主要是教中的弟子。”
商毅听了，也比较满意，这么隐密的事情都说，致少说明现在玄皇教确实是打算和自己精诚合作，因此也道：“这可我可以理解，为自己准备一条退路，是人之常情。这样，你们的教众仍然在南京城中，暗中行动，不用露面了，但军队交给我来指挥，当然还是由你们的人来控制，这几天多准备一些弓箭、弩箭、飞标一类的武器，在巷战中都会用得到的。”
玄皇教主也点了点头，表示同意。接着双方也开始计划巷战的布置。
南京城中河流众多，水网密布，而且大多都与秦淮河相通。实际秦淮河分为內河和外河两条，外河较宽，成为南京南西二面的护城河，在定淮门附近汇入长江。而内河是在通济门附近从外河分出，流入城内。而内秦淮河在南京城內的淮清桥处，又分为南北两条河，靠南的一条，也就是著名的十里秦淮，从三山门流出内城，汇入外河，靠北的一条叫古运渎，是从三山门和石城门中间的地方流出內城，汇入外河。
另外南京城中还有御河、玉带河、珍珠河、金川河等数条河流，而且全都相通，构成南京的水糸。
南京皇宫虽然位于城市的东面，但却是整个城市的核心，也是全南京的精神支柱，就算淸军攻入城中，但只要皇宫不失，就表示南京还没有失守，因此城市战也是以皇宫为核心展开。当然还要保住皇帝朱由崧，有他在就可以以皇帝的名议发号施令。
现在玄皇教己经把夕颜安插到朱由崧的身边，还有在皇宫中安排了不少人手，可以说基本控制住了朱由崧，商毅也不打算和他们争皇宫的控制权，因此也把整个皇宫，以及外围的防守任务都交给玄皇教付责。而整个驻守的区域包括南面的正阳门和通济门，和承天门外的全部地方，东边的朝阳门和皇宫西侧的西皇城根大街和通济门大街。保证有足够的出口，在危急的时候能够平安撤出南京城去。
而商毅付责的防区是从皇宫北部的太平门、小校场、府军右衙、国子监，一直沿伸到钟鼓楼。将依托河流进行防守。
钟鼓楼是南京城中最高的建筑，也是西北部的分界点，西北一带在南京城中，属于比较偏避的地方，但在南京城西北角的金川门，是商家军的水军驻扎的地方，在必要的时候，也很方便从城中撤离。而且站在钟鼓楼，基本可以俯视南京城的全局，也有利于指挥城内作战，因此商毅也决定，把这里做为商家军在南京城里的驻防核心，并且和皇城一带形成互相呼应。同时也把自己在南京的指挥部定在钟鼓楼。
这样一来整个城内的战场，将是以皇宫以西，钟鼓楼以南的南京中部地区。大约占南京城的四成左右，而城墙包括南边通济门到石城门的一长段地区。
玄皇教主和明石姬对商毅这样的布置也十分满意，因为商毅并没有染指皇城的控制权，而玄皇教的责任只是守住皇城就行了，毕竟皇城是有城墙可守，而且在城市内作战，清军也无法使用大型的攻城武器，而在城中的大部份的任务，都是由商家军来承担。因此也同意了商毅这样的安排。
随后商毅又问道：“居我估计，现在淸廷己经在南京城中安插了不少细作，一次不是让你们调查吗？别告诉我这么长的时间，你们什么东西也没有查来？”
明石姬道：“你也太小看我们玄皇教了，我们在南京的经营，是从靖难之后就开始了，己经根深蒂固，岂是清廷这区区几年的时间能够相比的。我们已经查出十一家酒楼、茶楼、妓院都有怀疑，其中有三家基本己经确定，肯定是清廷设在南京城中的居点。”
说着她从袖口里取出一张纸来，铺在桌孑。商毅一看，果然写着十一个酒楼、茶楼、妓院的名字，而排头第一位就是紫明楼。同时在前面还打了一个小勾。
商毅也点了点头，一边来说酒楼、茶楼、妓院，确实都是情报糸统隐藏的适合场所，道：“既然知道了，那么为什么还不动他们？”
明石姬苦笑了一声道：“没有证据啊？这个紫明楼现在的风头己经不次于我们的醉杏楼了，头牌姑娘紫玲珑，现在可是秦淮河的第一名妓，为人确实八面玲珑，和不少官员都有关连，像复社四公子，都和她交情不错，据说钱谦益都打算为她赎身，只是碍着家里己经有了柳如是。而且这一段时间南京一直都没有平静过，我们又怎么敢轻易对它下手呢？”
商毅道：“这么看起来，这个紫玲珑也是清廷的细作了。”
明石姬点了点头，道：“己经可以确定，她就是。我看她是有意要结交这么多官员，好为紫明楼拉出一层关系保护网来。”顿了一顿，又道：“不过我们现在己经把紫明楼严密监视起来了。“
商毅也点了点头，利用妓女和文士官员拉关系,是开妓院的另一个好处，因此道：“现在情况危急，己经等不了许多了，事急从权,就算是现在没有证据，也要先把这个紫明楼抄了，否则等清军打进了南京，他们就能成为清军的得力帮手。那怕是抓错了也再所不惜，这个恶人就由我来做，等到明天我的后队人马到了南京，就立刻动手。但在此之前，你们还是继续盯着他们。”
玄皇教主道：“好，这个包在我们身。只要查抄了紫明楼，一定能够从里面搜出证据来的。”
商毅道：“好，那就这样。”
玄皇教主盯着商毅，道：“现在你可以告诉我，你是怎么知道我们的秘密？”
商毅道：“很简单,因为我见过你用的乘龙剑，而先帝将另一柄御凤剑赐给了坤兴公主，我知道了这两把剑的来历之后，自然也就能够猜出你们的秘密了。”
玄皇教主道：“你既然知道了，我也不瞒你，我是建文皇帝第九世子孙，名叫朱成师，你现在应该明白了，如今的大明只有我……”
不等他说完，商毅就摆了摆手，道：“你不必说下去了，我知道你的意思，无非就是想再夺回皇位。但有一点你也要明白一点，想当皇帝，不是靠血统就可以的，否则也就不会有二十朝的更替。如果你想夺回先祖的皇位，必须靠自己的实力。”
朱成师呆了一呆，半响之后，终于才点了点头，道：“你说得对，我会证明，我有这个实力的。”