7月9日，警方封锁部分森林，并考虑派遣特别对策部队S.T.A.R.S.进入山区。
7月中旬，实验体销毁工厂已无法处理数量巨大的尸体，工人们因此被迫暴露在病毒之下工作，部分员工开始呈现被感染症状。同时，安布雷拉公共卫生部常务理事接到总部特别委员会的灾害传真，委员会认为浣熊地区病毒泄露事故可能已经无法控制，该委员会决定严守秘密实验，并防止S.T.A.R.S.布拉瓦小组和州警介入。
7月22日，合众国海军特种部队少尉比利·科恩（BillyCoen）因被指控在一次非洲执行任务过程中枪杀23人，而被军事法庭判处死刑，经由阿克雷山区押送至lexson基地执行。数小时后，押送车辆在阿克雷山区遭受不明怪物攻击，押送人员死亡，比利下落不明。为了避免机密外泄，因此安布雷拉隐藏了情报，企图私下解决此一事件。同时为了进行B.O.W（生化兵器）的实战能力测验，便透过安布雷拉干部威斯卡的安排，引诱S.T.A.R.S.部队进入灾害地区。
7月23日，马库斯博士的复仇计划开始。
当日20点，他指挥水蛭袭击了安布雷拉途经阿克雷山区的列车。
2小时后（生化危机0游戏剧情），浣熊市警局特殊部队S.T.A.R.S.的布拉瓦小队，乘坐直升机出动前往阿克雷山区进行调查。由于发动机不明故障，布拉瓦小队（bravo）的直升机在森林里紧急着陆。他们发现了一辆严重损毁的监狱护送车以及被残忍肢解的海军看守的尸体。恩里克·马里尼（EnricoMarini），bravo小队的队长，命令进行搜寻比利·柯恩。
bravo小队的新成员，瑞贝卡·查姆柏斯，发现了一辆停在森林里的火车并进去调查。火车很显然遭遇过某种事故，乘客无一生还。一个被判定死亡的乘客复活过来攻击瑞贝卡，危难关头囚犯比利·柯恩出现帮了贝瑞卡一把，救了她的命，虽然贝瑞卡对比利心存怀疑，但是为了生存两人决定一起打怪，互相帮助。
之后火车因不明原因突然启动，速度超出安全极限，火车侧翻，二人逃出火车残骸，来到了安布雷拉的干部养成所。
阿尔伯特·威斯克和威廉·博肯获悉了事态的发展。他们前去欲恢复设施，但是计划因怪物的袭击而宣告失败。在监视比利和瑞贝卡进展的同时，他们开始意识到是有人肆意破坏安布雷拉，于是决定炸毁养成所。
瑞贝卡和比利一路打怪升级，最终见到了复活的马库斯。马库斯向他们讲述了10年前他如何被暗杀的惊人故事。在多年的水蛭研究之后，他刚成功地复制出了t-病毒，奥斯威尔·e·斯宾塞的两名雇员，阿尔伯特·威斯克和威廉·博肯，就暗杀了他并窃取了他的研究成果。进化了的水蛭附在了马库斯的尸体上，马库斯的DNA被水蛭所吸收，最终他的复制品诞生。
新生的马库斯将T-病毒散播在浣熊市森林，以寻求对安布雷拉乃至整个世界的报复，大规模的生化危机由此爆发。当设施的爆炸装置开始倒计时，马库斯的复制体变成了水蛭女王。最终，比例和瑞贝卡成功战胜水蛭女王，干部养成所炸毁，比例和瑞贝卡逃出，因此事件，瑞贝卡放过比利，在报告中写下比利已经死亡，而瑞贝卡接着前往洋馆中进行调查，生化危机0游戏剧情结束。
7月24日（生化危机1游戏剧情），S.T.A.R.S.的布拉瓦小队失去联络已达24小时，威斯克以支援布拉瓦小队为由，率领阿尔法小队（Alpha）进入阿克雷山区。
阿尔法小队在郊区的森林遭受到丧尸犬的攻击，一位队员被杀，生还的队员则逃进郊区的一所别墅（“洋馆”）中，在洋馆中众人遇上一群被T病毒感染的丧尸。这些丧尸以活人为食物并袭击队员吉尔·瓦伦蒂安及克里斯·雷德菲尔德，在一边逃生一边找寻对外联络的方法时，他们发现到一切都是由大型跨国制药企业安布雷拉公司（Umbrella）泄漏的T病毒所引起的。
吉尔（生化1女主角）、克里斯（生化1男主角）、威斯克。
S.T.A.R.S小组受命前往调查洋馆，实际上是小队队长阿尔伯特·威斯克（AlbertWesker）利用这次行动来消灭自己小组的成员，获取生化兵器的战斗数据，当克里斯和吉尔消灭掉生化兵器T-002暴君后，整个洋馆被威斯克安装的炸弹炸毁，没留下任何线索。二人最终也得知威斯克是间谍的事实，克里斯向浣熊镇警察局做出报告，但是没有证据，不得不做罢，并动身前往安布雷拉公司巴黎研究所寻找证据，而吉尔则脱离S.T.A.R.S.小队后，留在浣熊市做进一步调查，生化危机1剧情结束。
9月29日（生化危机2剧情）
安布雷拉公司高级研究员威廉·柏金在研究G病毒成功之际，与美国政府联系密切，公司高层怀疑威廉会把G病毒卖给美国政府，于是派出特种部队前往抢夺。威廉被袭击，身中数枪，临死前将G病毒注入自己体内，变成了被感染的怪物。
新人警官里昂·斯科特·肯尼迪（LeonScottKennedy）来到浣熊市市警察局上任。但是在进入市区以后却遭遇了被T病毒感染的丧尸。同一时刻，S.T.A.R.S.队员克里斯的妹妹克莱尔·雷德菲尔德（ClaireRedfield），为了寻找失去音讯的哥哥也来到了浣熊市，并且也遭遇了丧尸，正是因此两人阴错阳差的相遇了。相遇后两人计划结伴去警察局（S.T.A.R.S.小队的办公室位于警察局2楼），但在路途中却遭遇了车祸，两人被爆炸的油罐车所引燃的大火分开。两人于是约定各自找到去警察局的路，然后在那里碰头，于是游戏的双剧情线由此展开。
在探索警察局时，里昂在停车场遇到了艾达·王（AdaWong），两人结伴而行。同时，克莱尔救了一个名叫雪莉·柏金（SherryBirkin）的小女孩，她从自己父亲威廉那里携带了G病毒的病毒样本，并被某人追击。
里昂发现有一条下水道连接着警察局和安布雷拉的研究所，他还没有意识到，一个强大的怪物将会阻碍他的逃生之路。在研究设所里，克莱尔偶遇安妮特（Annette），一个安布雷拉的研究员，也是雪莉的母亲。她向克莱尔详细说明了浣熊市爆发灾难的起因；下水道里的那个名叫“G”的怪物实际上是她的丈夫威廉。