领导决策层，是以马鹿为首，包含五影和铁之国三船大将各国影级人物。
最高统帅：克组织首领马鹿
副统帅：四代雷影艾
总参谋：五代火影纲手
参谋：木叶村上忍奈良鹿久、云隐村女上忍麻布依
联军总队长（统领忍者联军的特别部队和作战部队）：五代风影我爱罗
总指挥部设置在火之国木叶村的火影阁
特别部队包含：感知部队、情报部队、侦查小队、医疗后勤部队、大名护卫队和奇袭部队。
各队具体职责和人事任免如下：
感知部队：以克青为队长，负责感知敌人方位。
情报部队：以木叶村山中亥一为队长，负责接收、传送情报。
侦察小队：以木叶村御手洗红豆为队长，负责侦查前沿阵地敌军情况变动。
医疗后勤部队：以木叶村静音为队长，负责救助伤员和后勤保障。
大名护卫队：以五代水影照美冥为队长，负责保护大名，防止以晓组织为首的敌军绑架大名而对忍者联军进行要挟。
奇袭部队：以克砂隐村勘九郎为队长，对敌人进行试探和偷袭。
战斗部队又划分为五个小队：具体情况和人员任免情况如下：
第一小队，是中距离联合军分队，主力为擅长暗器和武器的忍者。以云隐村的达鲁伊为小队长，包含天天、秋道丁座、日向日足、萨姆依、阿赤伊、钢子铁、神月出云等精英忍者在内。
第二小队：近战联合军分队，是战斗在最前线的队伍。以岩隐村的黄土为小队长，包含黑土、日向宁次、卡茹依、日向雏田等精英忍者在内。
第三小队：战斗近中距离联合军分队，负责持久战，成员须兼备体力和速度的忍者才能胜任，以木叶村的旗木卡卡西为小队长，包含迈特凯、李洛克、山中三田、奈良盐水、真树等精英忍者在内。
第四小队：远距离战斗联合军分队，同时负责支援前线及后方的部队。以五代风影我爱罗为小队长，奈良鹿丸为副小队长，包含手鞠等精英忍者在内。
第五小队：战斗特别部队，使用特殊忍术及战斗方法的部队，以铁之国大将三船为小队长，包含油女志乃、犬冢牙、山中井野、犬冢花，佐井等精英忍者在内。
四代雷影的忍者联合军队任务分布和人事任免一宣布，在场的众人一片哗然。【△网w ww.Ai Qu xs.】
从来没有想到云隐村竟然将各国的精英忍者调查地这么详细、清楚。而且四代雷影早就拟定好这样的东西出来，想必是早就做出要组建忍者联合军队并出任最高统帅的计划来了，难怪他会提议召集五影大会呢。
但好在出发点是好的，并且对于各国忍者的能力，也做到了“人尽其才”，大家商量了一下，基本同意。
马鹿提出修改三个地方：第一，将木叶村的火影阁作为总指挥部；第二，将感知部队队长青换成花明涧；第三，奇袭队队长勘九郎换成蜻蛉伊奈。
然后，马鹿又将花明涧和蜻蛉伊奈的能力给大家介绍一番。众人都点头同意。
四代雷影不住点头，原来克组织能够每次都阻止晓组织抓捕尾兽，竟然有这样的人才在内，看来克组织并非只是马鹿用“净土转生之术”复活的一群乌合之众啊！
由忍者联军副总司令四代雷影艾提出，总司令马鹿之处修改后的五音回忆草案全票通过。
三船，作为举办五影大会的主办国的代表，站起来说道：“此次五影大会相当成功。不但建立了忍者联军，而且定好了作战计划，希望我们以后联起手来，为打击邪恶组织晓而努力，为世界的和平而贡献我们每一个人应有的力量。”
话刚说完，就听“砰”的一声，会议室的大门被撞开，五六个负责此次五影大会的铁之国武士从外面被扔了进来，每人胸口遭受重击，躺在地上一动不动。
“谁？”三船大喝一声，抽出腰间的武士刀。
其他四影和马鹿，以及身边的护卫都警觉地盯着门口。
阳光射进来，投射出一个人的身影。
浮夸地日本传统服饰，短衣简裤，腰部围巾，一条紫色的带子勒在腰间，后面斜插了一把长刀，站在门口。
待阳光全部撒进会议室内，众人看清楚了来人的脸庞，一副冷俊的面孔，嘴角略微上挑，露出不屑一顾的嘲弄。
这嘲弄，不知是对刚才守卫在门口的数名铁之国武士，还是对五影大会，亦或是对整个世界。
“佐助！”马鹿身后的卡卡西率先认出了对方，毕竟站在门口之人曾经是自己的部下。
“哼！”佐助看了一眼卡卡西，只是从鼻孔中发出一声冷哼，想来在会议室内，卡卡西已经不算是他要重视的人物了。
现在世界局势动荡，虽然各大国国土未变，但是以雨之国为根据地的晓组织惹得世界纷乱不堪。
以晓组织为首，鹰小队为辅，带土六道为骨干，以及以绝使用的大量的孢子军队为后盾，四处搜索、抓捕九只尾兽。克组织和各国都面临很大。
而且晓组织的队伍还在不断扩张，听说药师兜以“秽土转生”之术，召唤出很多已死的精英忍者即将加入晓组织的阵营。
在敌人近乎疯狂地搜寻、抓捕中，已经有七位人柱力被抓，并从体内抽走了尾兽，其中五代风影我爱罗体内的一尾砂之守鹤也被抽走了，只是他被千代婆婆使用禁术“己生转生”复活罢了。
目前剩下的尾兽只有八尾奇拉比和九尾鸣人还没有被对方抓获，就是在这样的背景下，四代雷影内心焦急如焚，提议召开的五影大会。
佐助微微一笑，“原来五影，老的老，小的小，猫在这里开会，害得我一阵好找啊！”
“佐助！你背叛木叶我们不管，但是你现在是晓组织阵营的，和我们忍者联军处于敌对势力，不要怪我无情！”
四代雷影是个火爆脾气，敌人已经打上门来了，他岂能容忍，挥起拳头，照着佐助就打了过来。。