莫尔斯到神邸不习惯饭菜吵着要刀和叉子，桂花拿来了大叉子和菜刀，莫尔斯气愤不已.无名岛工地缺人丁，睚眦命令海妖加倍抓人，他们想出了让民夫光着上身劳动的毒计，防妈祖混上海岛，坏他们的事.妈祖上岛发现此事，便改派高里正去无名岛，摸清建行宫细节，搜索证据.汪小凡被那副对联折腾得走火入魔般，却仍然想不出下联，便出去害人，妈祖及时赶到救了渔民，为了铲除妖患，妈祖给晏公下了战书.宴公知道自己已大难临头，但也终于被林妙珠的善良与温柔所感动，只是他无从选择只能打晕妙珠，硬着头皮出战。
妈祖终于大败晏公，而晏公最后抛出那个上联让妈祖对，妈祖对出后，晏公突然头疼欲裂，倒在地上挣扎，对联其实是睚眦所施的咒语.而追赶过来的妙珠更是惊恐不已，原来晏公就是汪小凡.妙珠抱着晏公求妈祖放了他，玄通道长赶到现场为报当年之仇，用宝瓶收了晏公，妈祖从大爱出发，又将晏公救下.汪小凡改邪归正后带着妙珠去看牢狱中的汪施旗，告诉他不是汪小凡，真正的小凡是现在的水鬼高里正，汪在清楚了儿子的实情后，带着忏悔之心，死于狱中.妈祖手下的成员多了起来，汪小凡即晏公又向她提供了无名岛行宫乃是睚眦篡位夺权的阴谋，妈祖获得了第一手证据.高里正在无名岛取得了海妖的信任，距离获取更多的证据又近了一步。
妈祖派汪小凡去无名岛给高里正传手谕，高里正见到晏公也就是现在的小凡变打了起来，最终因身困妈祖的神锁和妈祖的教化之恩，高里正决定冰释前嫌放过晏公.泉州诸地大旱，吴宗伦焦急中决定，开仓放粮，救济灾民。
为了从根底解决旱灾，吴亲自来求妈祖帮助求雨，并设下求雨坛为妈祖壮声势.妈祖当面求到雨神跟前，雨神答应次日去灾区降雨，久旱地区的百姓见到了希望.灾区百姓盼雨之时，不料雨神出尔反尔，并不兑现降雨承诺.妈祖气愤不已，决定上天庭。
在天庭上，凭着妈祖的智慧，逼雨神就范，旱灾区域喜降大雨.为了安置灾民，妈祖带吴宗伦等人上黑甲岛，莫尔斯瞬间开垦荒地为良田，妈祖施神术种下蔬菜，不仅让灾民有屋可住，还解决了吃饭问题.灾民从此定居岛上，黑甲岛改名为菜子屿.睚眦一伙追踪到出家为僧的狴犴，并施苦肉计让他说出自己的身份后突然变脸，痛下杀手，千钧一发之际，妈祖及时赶到，打跑睚眦救下狴犴.狴犴一心一意跟随妈祖保国护民，他提供道，天庭有留音石。
如果借得此宝，定会将睚眦等人的讲话录下.睚眦追杀狴犴不成，又生毒计，索性将修建无名岛的罪恶推到狴犴身上，达到一箭双雕，除龙王夺王权的目的。
皈依后的狴犴回家见杨生全夫妇，畅叙天伦之情.妈祖从赤脚大仙处借回留音石，并交给高里正让他伺机录下睚眦密谋的罪证.大量澎湖岛渔民突然出现在无名岛，为保证无名岛工程不被泄露，睚眦请出他力大无穷的六弟，企图将岛背负远离大陆.澎湖岛无故漂流人人恐慌，岛上的卢秀英前来求助妈祖，吴宗伦也为此事一筹莫展，狴犴认为定是六弟在捣乱，便提出天钉拴岛之计，妈祖等人在众乡亲的帮助下很快打造出了铁链和铁钉，并施法将澎湖岛与大陆拴在一起，睚眦无计可施.而高里正借送饭的机会，盗取了嘉兴嘉佑的帐本做为建行宫的罪证。
行宫即将竣工，海妖们请示睚眦，行宫建成后，民夫如何处理?睚眦命令全部杀掉民夫，嫁祸龙王，狴犴.这些密谋过程全被高里正用留音石暗暗地录下来.王母娘娘寿诞，邀请妈祖赴宴，但事关民夫的生命，妈祖决定放弃赴宴，阻止睚眦害人阴谋.黑甲岛匪首浪里飞表面死心塌地效忠海妖，其实暗地里拉拢亲信，时刻想东山再起，继续为匪.妈祖率部下赶到无名岛，接应高里正，并欲收服嘉应，嘉佑.浪里飞带领部下援助二海妖，但敌不住妈祖的法力.狼狈逃跑时，被妈祖仙绳捆住，只好投降.按照妈祖的安排，二海妖把渔船上的民工运送到湄洲岛，然而，浪里飞出来使坏，鼓动海妖易地为匪.二海妖听从了他的怂恿，把高里正灌醉，企图劫持全部民工为匪。
睚眦安插的亲信发现航向不对，火速向睚眦禀报.穷凶极恶的睚眦率众倾巢出动，向船只发出光弹，企图杀民夫以灭口.妈祖率部属及时赶到，与睚眦混战时，妈祖见许多民夫落水，便跑回娘家，以大义说服嫂子，把自己家的房屋点燃，取火照明给落水民夫指导航向.落水民夫获救，林愿却烧掉了自己的房屋.林家的行为感动了邻居们，大家纷纷出力帮助林家重起房屋.敌兵犯境，皇上下诏拜吴宗伦为前敌将军，率军抗敌.龙王在玉帝面前参奏，告妈祖怠慢王母娘娘寿诞之罪，妈祖具实揭露出睚眦的罪行，使玉帝十分震惊。
在诸多人证物证面前，玉帝下旨，下令查处睚眦一伙的罪行，狴犴上殿与东海龙王相认，并表示以后愿追随妈祖，不愿再会龙宫.睚眦，蚌妃等人获罪，被押往斩龙台和斩妖台，珍王妃被打入冷宫.此时，吴宗伦率众与敌决战，将敌兵逼退至顺风岛上，敌兵调来炮火增援，使宋军受挫.吴宗伦战死疆场，妈祖出现，大义凛然，劝退敌兵，我军顺利收复失地.吴宗伦被敕封为抗敌英雄，妈祖则被封为护国夫人.妈祖带领自己的水阙仙班成员终日巡逻予海上，救人予为难。