黑色市久违的被阳光所笼罩，一切的事物无所遁形，居住在这里的人们没有高兴，相反他们都像是吸血鬼一样躲避着阳光。
他们在黑暗和浓雾中太久早就惧怕了阳光，有些在黑色市出生的人甚至一辈子没有见到过阳光。
这座被欲望和浓雾所笼罩的城市此刻已经无所遁形。
很快他们就会发现原本在黑色市郊区的巨大城堡像是被官方军队用导弹还有强大的神奇宝贝军团技能洗地一般变成了一座废墟。
从这之后黑色市的行事风格略有收敛，
为了防止下一次这样的行动不被人察觉，黑色市的权贵人物着手一起在城市中心打造了后来响彻合众的庞然大物——黑色摩天大楼。
他们和联盟并没有冲突，很会配合联盟的工作，但是所有人都知道这里是什么样的销金窟与欲望大楼。但是由于他是纳税大户的原因，合众联盟也没有对这里动手，一切都在相安无事的发展。
活动舒坦的众神奇宝贝跟着墨羽离开了黑色市，墨羽先去了笼目镇思考接下来的行动。
栎树林的神社中需要GS球来召唤雪拉比，不然遇到雪拉比的机会太渺茫了。
神奥地区则不然。
在天冠山顶的只要放出一点龙之石板的气息神奥三神就会像是饿狼闻到肉味一样饥渴地扑击过来。
甚至缺失石板的阿尔宙斯也会亲自出场回收遗失的石板。
风险很大，因为自己根本就无法击败神奥三神和阿尔宙斯，或许自己去了之后就没有以后了。
就在墨羽准备离开笼目镇的时候一道黑衣的身影找上了他。
墨羽看到对方用超能力隐蔽自己的长相就意识到了什么，然后什么都没有说就跟上了他的步伐，不过等到他看到眼前人带他去的地方不由得后退了两步。
巨大的“Red Romantic”拍照再加上粉色的氛围灯让同为男人的墨羽脸色大变。
“是隔壁。”
熟悉的声音打断了墨羽的思考，确定了，就是羽先生。
两人来到了“红浪漫”旁边的小破旅馆。
路过前台的时候两人都没有吭声，坐在柜台抽着烟看肥皂剧的小姑娘也没有分神看他们。
“我很想知道你是哪个时空的我？我能感觉到你身上有很多的石板，我明明已经将这些石板分散在世界各地了。”羽先生坐在旅店的床上撤去了自己的伪装。
一张和墨羽一模一样的脸出现在了墨羽眼前，两人面对面坐在在一起就像在照镜子一般。
“我不是你，时间发生了改变，我们成为了两个个体。在我的时间线五年前的时候你带着洗翠圣主和四个女孩离开了这个世界。”
墨羽也没有隐瞒，因为他影子中的玛夏多和耿鬼在警告他，对方影子中有个不得了的存在在虎视眈眈的看着他们。
“我们成为了个体？”羽先生感到了惊奇，明明就是同一个人怎么会变成了两个？
他活了这么长时间还是第一次知道这种事情。
墨羽心念一动，说不定羽先生能将自己送到自己原本的时空去。
“当时的你告诉我，时间发生了改变，我不会按照你回到过去的时间回去所以时间就发生了改变，如果我没有在你回到过去的时间回去你就会成为悖论的存在，那样的下场是什么你也不知道，所以你选择通过虫洞一样的究极之洞逃离这个世界。”
羽先生还是有些不敢相信，于是他选择了更加稳妥的方式——搜查记忆。
墨羽也知道自己和羽先生实力的差距，并没有抵抗而是用神奇石板保护起自己的精神之海，保证自己不会因为搜查记忆而受到影响。
“很多事情都对不上，我的记忆中并没有那个叫做月华的小姑娘的记忆，并且我的神奇宝贝并没有只剩下达克莱伊和音波龙。”
羽先生对墨羽记忆中关于自己的印象摇头表示有些失真。
“这也是我想要问的，月华是我救出来的，火箭队那边的人知道的信息是坂木大叔救下的，你又告诉我是你救下的，这点和我们的对话对不上。”
羽先生是注意到石板的气息才找上了墨羽，在看到对方和自己长得一模一样之后才会将墨羽带到了这里与他对话。
“如果你想要回到原本的时间线的话我可以帮你，但是你要帮我一个忙。”
以羽先生的实力还需要自己帮忙那一定是他无暇分身的事情，换句话来说就是需要一个替身。
基本上没有犹豫，墨羽答应了羽先生。
跟他想到的一样，羽先生本人需要在合众地区待一段时间寻找传说中道之龙神降临来的时候留下的坑洞里面能够让酋雷姆同时融合黑白双龙的道具——基因之契（分离）。
那个陨石坑洞就是现在的巨人洞窟。
而另一边羽先生需要去双龙市的夏卡手中取来基因之契（融合）来让基因之契变的完整，在这么多年的旅行中他已经遇到了很多的强大存在，道之龙神是他没有对上过的。
之所以现在才开始寻找基因之契是因为前些时间黑白双龙尚且在沉睡实力并不完整，酋雷姆在百年前被羽先生限制在了巨人洞窟之中，所以前一段是时间等离子团对酋雷姆的捕获计划实行的那么顺利。
直到前不久羽先生才了解到了有关道之龙神的消息。
那是笼目镇的传说：
很久以前，一块陨石从太空落下，里面有狞恶可怖的巨兽，据说巨兽夜间会在城镇出现，伴着冷风，抓走人和宝可梦并吃掉他们。镇上的居民就筑起墙壁来包围笼目镇，甚至建立规定禁止在夜晚外出，并鼓励人们留在家中。即使一些居民不再相信这个故事，他们夜间还是待在家里。
还有笼目镇附近的一间遗迹里面的资料。
基因之契并不是单独存在的，它是被强大的力量一分为二，基因之契本身就是道之龙神身体的重要器官，缺少了基因之契就像是高达......基格尔德失去了两只核心细胞一样。
所以为了挑战道之龙神他们要收集基因之契和光明与黑暗石。