NERV总部之中，碇源堂正在与自己的儿子碇真嗣谈话。
安静的房间，刺眼的台灯，已经满脸严肃的父亲。
“切.....”
真嗣切了一声，表情同样很严肃。
此时距离尊者高代将第一使徒【亚当】带走已经过去了半个月，适格者们也终于愿意回到NERV总部之中。
对于碇源堂来说，初号机显然是最特殊的存在，所以，他要与自己的工具人儿子好好谈谈。
真嗣看起来与之前懦弱的样子有了很大的不同，原因碇源堂并不清楚，真嗣自己却已经有了猜测。
dG细胞，是dG细胞感染了初号机，零号机，二号机，三号机，这细胞具体是什么东西他不得而知，只是带来的后果是EVA变得更加强大，根本不需要能源甚至可以自己主动进行行动。
真嗣长时间与初号机待在一起，或多或少都感染了一部分的dG细胞，他懦弱自卑的性格被dG细胞富有攻击性的特点完美的契合到一起了，他变得不再懦弱，也绝对不会犹豫。
甚至于都变的冷静果断了很多。
最主要的是，他在初号机之中，时不时可以听到一个女人的声音，是那么温柔，那么慈爱....
他不管这到底是dG细胞产生的幻觉，还是dG细胞真的连同他目前的灵魂一并【感染】了，总之，他很喜欢.....
冬二，绫波丽与明日香在外面等候，绫波丽愿意和葛城美里谈话，明日香也愿意和加持良治谈话，至于冬二，他谁都不理，他的表情淡漠，动辄有暴怒的倾向...
他被dG细胞复活，感染的程度最深....
葛城美里完全无法从绫波丽的嘴中得到任何有用的消息，绫波丽的回答如同一台AI.....
至于明日香，感染了dG细胞的香香智商已经突破天际了，加持良治不仅没有得到她的情报，甚至被明日香套出了一些列东西，更加加深了极当初说出的话的准确性....
此时此刻就算是足智多谋的碇源堂来跟她唠嗑，也得被套出银行卡密码才能走。
“真嗣在里面待的时间太久了，司令官一直是他【天敌】一般的人物，我担心真嗣会出事...”绫波丽睁开一直闭着的眼睛，面色清冷的说道。
“随便他吧，反正极老师说了，他不会再回来了，什么【人类补完计划】这种东西我是不会承认的，怎么看都是阴谋，将亲人的灵魂弄到EVA里面什么的....\"
“哼....”
冬二站起身，立刻就要离开这里，他刚站起身，四周的人员已经全部将枪掏了出来，瞄准了冬二。
“........”
“这就是你说的应该不会有危险吗？真嗣....”
冬二目前不清楚自己的身体状况，被dG细胞感染之后，寻常的枪支对他已经没有效果了。
“谎言！全都是谎言！碇源堂！我不会再相信你了！”
就在此时，真嗣发出怒吼，伴随着他的怒吼声，房屋开始震颤，一双手臂将房地直接扒开！
“吼！！！”
是初号机，初号机嘴巴大张，露出里面细密的利齿，它伸出手一把插进真嗣待得房间之中，将真嗣拿出后放到了嘴里。
真嗣与初号机，先动手了。
“绫！明日香，冬二，去【最底下】解决这一切的因果！”
“拜托了！”
真嗣满脸泪水，咬牙切齿的大喊，NERV总部最底下的【最终教条】之中，还有一个关键性的使徒，第二使徒【莉莉丝】。
极并没有动手，只是解决了【亚当】而已。
他将这个决断，留给少年们。
“吼！！”
仿佛收到了初号机的召唤一般，零号，二号，三号全部出现在这里，NERV总部遭遇灭顶之灾....
祸不单行，福无双至，第十六天使子宫天使，也出现在了NERV组织的上空。
少年们一直往地下突进，NERV组织完全无法阻止四台机体的行动，军事设施被侵蚀，完全无法使用，几台机体完全就是行走着的dG细胞扩散装置。
最终，出现在少年们眼前的是被钉在十字架上的人形生物，只有上半身身体，它就是第二使徒【莉莉丝】，胸口插着的正是朗基努斯之枪。
“第二使徒...莉莉丝....”
绫波丽忽然有些恍惚。
“干掉它干掉它干掉它！！！”
冬二面目狰狞，三号机发出恐怖的嚎叫，一把抓住了插在莉莉丝胸口的朗基努斯之枪，冬二并不是要拔出这把枪，而是要用这把枪将莉莉丝彻底洞穿！
“动手了！！”明日香同样大吼，操控二号机抱住了莉莉丝的脑袋，口中开始凝聚漆黑的能量弹。
绫波丽并没有动手，莉莉丝的灵魂与dG细胞的意志让绫波丽进入了宕机一般的模式。
“真嗣！不管你做什么，使徒出现了！”
“地面上需要你！民众是无辜的啊！”
葛城里美浑身伤痕，建筑被eva破坏的一塌糊涂，到这里已经竭尽全力了。
“..........”
真嗣沉默了一会儿，操控着初号机一把抓住葛城美里，开始往地面移动。
绫波丽的意识之中混乱无比，上代绫波丽的记忆，她自己的记忆，以及莉莉丝混乱不堪的记忆，甚至有真嗣妈妈记忆.....
这一切搅的绫波丽脑袋剧烈疼痛，直到一道恶魔般的身影在这记忆的世界中撕开一道口子，将一切欢迎撞碎撕扯....
最终，巨大的身影伸出手将绫波丽拥入怀中.....
绫波丽恢复了意识，零号机胸口爆发出剧烈的光芒。
“好！就这样！”
冬二满脸狞笑，三号机的胸口同样爆发出光芒，二号机也是如此。
“住手！住手啊！！”
“这样我的心血都白费了！！”
碇源堂站在地面，声嘶力竭的嘶吼着。
回答他的是足以毁掉整个NERV总部的剧烈爆炸！