朱常润就任监国之后，依照廷臣会推，任命袁方为太师、天下兵马大元帅、首席大学士，兼兵部尚书。
陈演为太傅，继续执掌翰林院。
张之极为太保，统领五城兵马司。
张国维加东阁大学士、兵部左侍郎，兼凤阳总督；王征加东阁大学士、兵部右侍郎，兼两广总督。
范景文加东阁大学士、户部尚书；姜玉果加东阁大学士、刑部尚书；王铎加东阁大学士、礼部尚书；倪元璐加东阁大学士、工部尚书；郑鄤加东阁大学士、吏部尚书。
历史上的倪元璐在京城沦陷后就自缢了，由于袁方的穿越，现在的倪元璐在京城沦陷前就被袁方在京城的卫队保护了起来，同时得到保护的还有英国公张之极。
南京内阁组建之后，袁方下达的第一道令就是废除太监。
朱常润这个监国可是没有实权的，他手上的“监国之宝”只是个摆设，在袁方手里也有一块与朱常润手上一模一样的“监国之宝”，袁方完全可以以监国的名义向全国发号施令。
现在袁方是内阁首辅，但是他并不在文渊阁办公，而是兵部的尚书房处理日常。
南京的宫殿很是冷清，除了朱常润和五个宫女，就没有其他人了，有的都是袁方麾下的御林军。这是袁方有意为之，目的就是要把朱常润与世隔绝，让他在文渊阁一心向佛。
而六部之所却异常的热闹，车水马龙，高官云集。
昭告天下废除太监的第二天，袁方正在尚书房与户部尚书范景文商议税收的问题，张从前来禀报，在兵部的门口有几个太监大吵大闹。
袁方脸色一沉，问：“都是何人在闹？”
张从答道：“回禀大元帅，是守备太监韩赞周纠集司礼监太监孙元德、凤阳督军太监卢九德等数十人在大门外闹事。”
袁方道：“皇上已经下旨，现在没有什么守备太监，也没有司礼监，外面闹事的那些不男不女之徒统统给老子打入大牢！”
“尊令！”
范景文连忙劝道：“方阁老，不可如此冲动，还是以劝诫为主呀！”
不痛打落水狗是不行的。
袁方斩钉截铁道：“立即执行！”
张从行了个礼就出去了。
袁方接着对范景文道：“梦章呀，我们对敌人可不能心慈手软，不把太监除掉，他们将来必是我们潜在的威胁。”
范景文道：“方阁老办事雷厉风行，而且方寸不乱，这正是我佩服阁老之处。但是，那些只是太监，他们没有了事做，发泄发泄情绪是在所难免……”
袁方打断了范景文的话：“梦章难道忘记了魏忠贤吗？太监一旦得势，就是一股可怕的力量。”
袁方是要自己做皇帝的，现在的太监就是明朝的爪牙，袁方当然是要尽早除之。但是，他不会明面上告诉范景文的。
不过，这帮太监闹事也提醒了袁方，对这些人还不能放任不管，除了一些对废除太监不满的大太监，多数的小太监还是要管他们吃饭的问题的。
好在南京的太监人数不是很多，不像京城那边有好几万人，安排他们还是没有困难的。袁方先让户部给他们进行重新登记，然后招他们进工厂做工，老弱病残的就养起来，闹事的就关起来，甚至可以杀十几个顽劣分子。
为了更好地发展工业，袁方把工部分成两个部：农业部和工业部。
原工部尚书倪元璐改为农业部尚书，袁方把王良逸直接提升为工业部尚书，王良逸替袁方管理了几年工厂，在这方面已经有了一些经验，让他来当这个尚书在合适不过。
袁方把明朝的都察院改为监察部，并任命原都察院左副都御史方岳贡为监察部尚书。
袁方新设立了一个军情局，军情局隶属兵部，军情局的局座由兵部侍郎兼任，这个位置的不二人选是汤祖契，汤祖契从事了十多年的情报工作，他已经在全国绝大部分地区布下了情报网，是袁方的得力干将。
没过几天，才把韩赞周这些太监按下去，勋贵刘孔昭也来闹事。
诚意伯刘孔昭在英国公张之极和隆平侯张拱日的影响下，也支持朱常润监国，他自认为有定策之功，现在论功行赏，怎么着也得进入内阁。
所以，他来到了兵部大堂，吵吵嚷嚷地要入阁。
不等袁方开口，立于一旁的吏部右侍郎张慎言厉声呵斥道：“吏部用人自有本末，诚意伯在大殿之上吵闹成何体统！”
刘孔昭十分的嚣张，他突然从腰间拔出一把匕首对着张慎言威胁道：“姓张的，老子有定策之功，你再敢多言，看老子不一刀宰了你！”
袁方一拍案几，喝道：“刘孔昭，把刀放下！你持刀进殿，这是要造反吗？”
刘孔昭一愣，忙把匕首收起，向袁方拱手道：“首辅大人，在下只是吓唬那个姓张的，他太不是东西！”
“我怎么就不是东西了？”张慎言面红耳赤地问道。
刘孔昭道：“首辅大人，张慎言举荐吴甡为官就是误国，且他在定策时怀有二心，这种人还能在吏部为官，我刘孔昭不服！”
袁方语气放缓道：“诚意伯，说话要有证据，朝堂之上岂能信口开河？”
刘孔昭藐视地看了张慎言一眼：“此人勤王无功，还须要何凭证？可杀，可杀！”
此时，张之极站起来说话：“杀与不杀不是你说了算的，你现在如此的胡闹就是对首辅大人不恭，还不快快退出去！”
刘孔昭一边走一边道：“有功之人也不能为官，我要去找监国说理去。”
……
袁方岂能放过大闹朝堂的刘孔昭，不等他去见朱常润，张从就带人把他抓了起来。
就算张从不把刘孔昭抓起来，他要去见朱常润也是白去的，因为他根本就不可能见到被袁方软禁起来的朱常润，这个皇宫都是由袁方的御林军把守着，没有人可以随意进出皇宫。
虽然皇宫把守得严密，但是也不是说没有人去见朱常润，每天的早朝袁方还是允许朱常润进行的，只是来参加早朝的大臣都是袁方体制内的官员，其他的人是不会允许进来皇宫的。
朱常润的早朝不是天天有，来朱常润这里上朝的都必须经过袁方批准。其实也没有人愿意来见朱常润，每次假意来上朝的都是袁方派过来的。袁方每次只准许三十人进宫，目的是让朱常润觉得自己还是个皇上，他所批复的奏折不会有人去执行的。
真正的权利机构在兵部，现在南京的政治经济大权全部都掌握在袁方的手中。